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土壤DNA大提试剂盒-柱式
土壤DNA大提试剂盒-柱式
Large-Scale Column Soil DNAout
货号:M090063
产品及特点
本产品是在本公司柱式土壤DNAOUT基础上开发而得的大提升级产品,用于从各种土壤样品和河海沉积物中大量提取高质量的DNA 的试剂。跟柱式土壤DNAOUT 相比它具有下列特点:
1. 处理量大,一次最多可以处理 20 克的土壤样品。
2. 去污染效果更好,得到的 DNA 可以直接作为PCR 模板或酶切,不需要再进行去腐殖酸处理。
3. 操作过程更加简单快速,整个操作只需要 10 多分钟,扩容性好。
4. 产量高,每克土壤一般可以提取到5-50 ug DNA,片段长度在20-50 Kb,OD260/280 一般都在1.8 以上。
5. 适合于各种土壤(包括河海沉积物)。
规格及成分
成 份 4 次包装
溶液A 50 mL
溶液B 50 mL
溶液C 100 mL
离心吸附柱 4 套
通用洗柱液 100 mL
通用洗脱液 10 mL
使用手册 1 份
运输及保存
常温运输,4℃保存,保存期为一年。
使用方法
1. 65℃预热溶液A,待其沉淀溶化后充分混匀,取10 mL 加入到1.5 mL塑料离心管中并放置于65℃待用。
2. 称取 3-20 g 的土壤,加入到含预热溶液A 的离心管中,震荡器上剧烈震荡5-10 分钟。
3. 将离心管置于 65℃水浴中保温至少5 分钟。
4. 5000-7000 rpm 室温离心3-5 分钟,将上清转移到一新离心管中(上清液一般呈淡黄色或深棕色,实际颜色取决于腐殖酸的含量,上清液的体积一般为6-8 mL)。
5. 在上清液中加入等体积的溶液 B,上下颠倒30 秒充分混匀,溶液将呈白色或淡黄色混浊状。
6. 将离心管冰浴至少 5 分钟。
7. 5000-7000 rpm 室温离心3-5 分钟,转移上清到新的50 mL 离心管中,上清液颜色将比第4 步得到的上清的颜色稍淡,体积在14 mL 左右。
注意:下面第8-第9 步的氯仿抽提操作可以省略,直接进入第10 步,但DNA的产量会低50%左右,OD260/280 在1.7-1.8。
8. 加入 4 mL 的氯仿(自备),震荡器上充分振荡30 秒混匀。注意:一定要让管底的溶液震荡起来。
9. 5000-7000 rpm 室温离心3-5 分钟,小心转移上清到新离心管中,体积在11 mL 左右。说明:离心后两相交界面将有白色膜状物,其中有机相部分颜色较深,一般呈淡棕色。上清的颜色取决于土壤中腐殖酸的含量。
10. 加入 1.5 倍体积的溶液C,上下颠倒30 秒混匀。
11. 分两次上柱(即先转移一半的混合液到离心吸附柱中,5000-7000 rpm室温离心1 分钟,弃穿透液,然后再将剩下的混合液到离心吸附柱中,5000-7000 rpm 室温离心半分钟,弃穿透液)。
12. 加 10 mL 通用洗柱液到离心吸附柱中,5000-7000 rpm 室温离心1 分钟,弃穿透液。
13. 重复上个步骤一次。
14. 5000-7000 rpm 室温再离心半分钟。此步十分重要,否则残留的通用洗柱液会污染DNA。
15. 将离心吸附柱转移到一新的 50 mL 塑料离心管中,加入1 mL 通用洗脱液。
16. 室温放置离心吸附柱 1-2 分钟。
17. 5000-7000 rpm 室温离心半分钟,离心管中溶液即为DNA 样品。
疑难解答
Q: 如何判断提取的DNA没有腐植酸污染?
A:方法一是目测法,即看得到的溶液是否无色。如果呈淡棕黑色或淡黄色,说明可能是少量残留的未除尽的腐植酸。方法二是检测最大光吸收。注意:有腐植酸污染并不表示DNA 不能使用,有的腐殖酸并不抑制PCR 扩增。
Q: 腐殖酸的最大吸收波长是多少?
A:腐植酸(humic acid)是一大类呈棕黑色或黑色的物质,其结构千差万别,土壤中腐殖酸的组成和特点随土壤不同而不同,所以其最大吸收波长也各不相同,有的土壤的腐殖酸在260 nm 有最大吸收(见Appl.Environ.Microbiol., 63:4993,1997),有的则在340 nm。所以用特定的波长测定OD 值时波长的选定要根据土壤而决定。Sigma, Fluke 等公司出售的腐植酸产品成分一般比较简单,其最大吸收波长不能推广到成分更为复杂的土壤腐殖酸样品。
Q: 是否腐植酸都会抑制后续的DNA 反应?
A:否,因为腐植酸是一大类物质的统称,他们的结构和特性各不
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