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Chimera分析总结 得到chimera 筛选出长度20bp的reads：1206906个比对结果，reads数472695个。 （/ifs1/ST_MD/USER/caixiangxing/single_cell_Assembler/chimera/find_chimera/paper/ chimera.above20） 筛选掉没有组合的情况，剩下：385830个比对结果，reads数164943个。 组合满足的条件是：（1）有两段总长100%；（2）两段都20bp。 去掉多种组合的或是某一段比上多出的（认为这是有歧义的），只保留一对组合的：310994个比对结果，reads数155497条。 把这155497条当做最终的chimera。参考文章当中共找出495条有嵌合体的read，这些read对应我们这里的条件应该是“read有两段组成；两段占read总长100%；两段长度都大于20”，按照这样的条件我们数据中这类read的条数RNT是多少（不是比对结果数）？ 参考文章中495个里面有20个是有歧义的，我们这里可以认为满足下面其中一个条件的read是有歧义的“一条read有多种组成方式；一条read的某一段能比上多出”，这样???read数RNA是多少？ 剩下没有歧义的就是155497？ 应该等于RNT-RNA  之前里头所有的个数条数，都是reads数，不是比对结果数，计数的时候有考虑到；现在两种都表示出来。 155497条是剩下的没有歧义的。 歧义的reads数有9449条，占存在组合的reads总数5.73%（文章中是4.0%，495条中有20条歧义的）。 Reads数总共，29M。chimera占0.534%。 二、分析chimera 将chimera分为有overlap（=2bp）128178条（82.43%）和overlap 2bp（包括无overlap的）27319条，两种情况。 以下是对overlap（=2bp）Chimera的分析： 有overlap（=2bp）的Chimera深度特点分析 将chimera分成三段，起始段，覆盖overlap段，结束段。 查看有overlap（=2bp）的chimera，覆盖overlap段kmer深度情况，与其余两段的kmer深度进行对比。 （/ifs1/ST_MD/USER/caixiangxing/single_cell_Assembler/chimera/find_chimera/paper/step7.chimera.depth.num2.1） 发现有很多overlap段kmer深度情况很小，其余两段深度很大。 分析有overlap（=2bp）的chimera深度品均值 （1）分成三段的情况 Overlap段平均值均小于另外两段品均值0.6倍的，50966个 Overlap段平均值均小于另外两段品均值0.7倍的，52153个 （2）若只分成两段（第一段或第三段为空为空） overlap段深度平均值小于0.6倍另一段的品均值的，有1170个。 以上两种情况是显著的chimera情况 128178个去除以上两种还有74855个。不知有没有可能是重复序列，分辨不出是chimera，还是重复序列。 Chimera类型分析 四种类型chimera个数： 嵌合体类型Reads类型ABCDOverlap（=2bp）这个chimera的类型统计为什么要基于overlap =2 来统计呢？ 50474191104111117483Overlap=1bp或无overlap58695527560610317A，C两种类型所占比例总的比例66.3% Chimara Overlap长度分布 分布图只画0-20bp的吧，20bp以上基本没有看 峰值出现在overlap=5bp处。 这个会不会与MDA扩增有关。 overlap区域与两端区域的平均kemer深度的分布图 两端区域平均kmer深度分布 Overlap区域平均kmer深度分布 Overlap区域平均kmer深度很低的chimera很多。 overlap区域与两端区域的平均kemer深度的比值: 分布图:这个究竟是谁比谁？如果是overlap比两端，那我们的关心的重点不应该是0到1之间吗？增加一个图中只显示该区域，大于1部分可以只给一个总比例 累积分布图： 只看0-1之间 Overlap与两端区域平均深度比值，66.8%的chimera=1剩下的33.2%（你0-1的分布图出来后，cutoff根据图再确定），具体什么情况得调查一下，譬如这些read平均深度是多少？只是这些read的深度分布如何？有什么特征？ 更有超过50%的比值是小于0.01的。 c