原创力文档- 1、原创力文档（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。。
- 2、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击 这里二次下载。
- 3、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。
- 4、该文档为VIP文档，如果想要下载，成为VIP会员后，下载免费。
- 5、成为VIP后，下载本文档将扣除1次下载权益。下载后，不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
- 6、成为VIP后，您将拥有八大权益，权益包括：VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
- 7、VIP文档为合作方或网友上传，每下载1次， 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等，对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
查看更多
大连化学物理的研究所--冠状病毒主蛋白酶催化机理初探ppt11-
冠状病毒主蛋白酶催化机理初探 大连化学物理研究所博士生2004春季Seminar I 报告人：王 永 导 师：韩克利 Center for Theoretical and Computational Chemistry State Key Lab. of Molecular Reaction Dynamics? Han Group SKLMRD * 背景 冠状病毒是一种常见的RNA病毒，30%的流感是由229E株冠状病毒引起的。 SARS病毒是冠状病毒的一个新的分株。3CL蛋白水解酶是SARS病毒复制中的关键蛋白，且被认为是进行抑制剂筛选的最理想的靶标。 SARS-Cov 3CL蛋白水解酶与猪源性胃肠道冠状病毒（TGEV）的主蛋白酶(Mpro，也叫3CLpro)具有相似的结构，尤其在活性位点上非常相似。 TGEV Mpro催化结构是Cys144-His41,是一个催化二体结构，这不同于普通的半胱氨酸和丝氨酸蛋白酶家族的催化结构---催化三体 Cys(Ser)-His-Asp 。 * 冠状病毒复制过程： 冠状病毒粒子进入宿主细胞 后，首先将直接以病毒基因 组RNA为模板翻译出病毒RNA聚合酶。然后才利用该酶完成负链亚基因组RNA的转录合成、各结构蛋白mRNA的合成，以及病毒基因组RNA的复制。各结构蛋白mRNA翻译出两条多聚蛋白质，经3CL水解蛋白酶水解成各结构蛋白单体。结构蛋白和基因组RNA复制完成后，将在宿主细胞内质网处装配生成新的冠状病毒颗粒，并通过高尔基体分泌到细胞外，完成其整个病毒的生命周期。 3CL水解酶 3CL水解酶 * TGEV 主蛋白酶三维结构及其活性中心 * 丝氨酸蛋白酶家族水解催化过程示意图（以糜蛋白酶为例） * 半胱氨酸蛋白酶家族水解催化机理示意图 （以木瓜蛋白酶为例） * 2.催化机理： 经历ES四面体中间物 .VS. 协 同 机 制 Q U E S T I O N : 1. water molecular, the third member of the thiad ? * 酰基化反应的反应物构型 His164 His41 Cys144 Substrate H2O His164 His41 Cys144 Gly142 substrate Asp186 * * Probably Approach: 1.构造酶—底物计算模型 a. find the inhibitor-enzyme structure b. choose the substrate c. replace the inhibitor by the chosen substrate d. opt-calu. to relieve the bad contact e. solvate this structure in water box 2. 划分计算区域，进行QM/MM组合计算 a. choose atoms of act. Cent.Substrate?QM b. others ?MM c. calculation like common ab initio approach 3. 分析计算结果 *
文档评论（0）