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21st 世纪的物理学与自然科学交叉——以生物信息学为例 物理现象研究方法10 知识体系、科学与学科 知识体系：科学、宗教与艺术是同源而殊途的：同源于描述和解释自然、人类以及人和自然的关系。 数学是自然科学的“画笔”：定量而不仅是定性地掌握自然规律。 物理学已经成为鼎立于实验、理论和计算三大支柱上的成熟的学科。 生物是物，生物学也会受到物理学的启发并且共同进步。 生物学为物理学启示过能量守恒 医生R. J. Mayer (1842)：受动、静脉血色差别启发，第一个给出热功当量。 物理学家J. P. Joule (1843)：热功当量。 现役军医H. von Helmholtz (1847)：把能量守恒从机械运动推广到热、电、磁乃至生命现象。（24年后任物理教授） （感谢刘寄星博士核实姓名年代） 物理学为生物学提供过大量工具 光学显微镜(~1590)： 细胞(1665) 细菌(Antonie van Leeuwenhoek,1683) (Muller确认细菌为一类生物, 1773) X射线衍射晶体结构分析 DNA双螺旋结构（JD Watson,FHC Crick,1953） 肌红蛋白、血红蛋白晶体结构（1957,1959） 电子显微镜、扫描电镜、隧道扫描电镜 物理学为生物学提供过大量工具 各种光谱方法、荧光标记 中子衍射 示踪原子、放射性标记 核磁共振波谱 质谱仪 “化学”仪器：超速离心机、液相色谱分析、圆偏振二向色性分析、凝胶电泳 物理学为生物学提供了新思想 负熵 非周期晶体 对热涨落的担心 三联码（George Gamow, 1954） 生物中的“标度”和“分形” Erwin Schrodinger, What is Life? The Physical Aspect of the Living Cell, 1944, … Michael P. Murphy and Luke A. J. O’Neill, eds. What is Life? The Next Fifty Years, Cambridge University Press, 1995, 1997. “数学的应用:…生物学中的数学=0.” （恩格斯：1885） 于光远等译,《自然辩证法》, 人民出版社, 1984, 172页 生物有数 ——生物学最显著的特征是其丰富性，来源于其庞大的数量和复杂性 生物多样性（宏观数据） 现存物种知多少？ 从2 百万到10亿的种种估计 2003年11月初GenBank核酸数据库中有 154 089 种生物至少有1条数据 其中只有约半数有某些分类学信息 目前地球上存活着约 5000 种哺乳动物,约9000种鸟类 细菌是地球上最成功的物种,然而我们不知道它们的数目有多少 生物数据的产量 中国科学院基因组学研究所（“华大基因”）每天的测序能力：5000万碱基对（5*107） 一个人的基因组：3.2*109 碱基对 籼稻基因组：4.3*108碱基对 全世界每年生物数据产出量：1015字节 英国Sanger中心今后5年每年新增硬盘：80-100TB，即(0.8~1)*1014字节 GenBank 138版(2003年10月15日) 序列数: 29 819 397 (2981万) 核苷酸(字母)数: 35 599 621 471 (355亿) 序列平均长度: 1193 超级计算机：处理海量数据的最有力工具 ENIAC（1944）：每秒330次乘法运算 神威计算机：每秒3840亿次浮点运算 曙光3000计算机：每秒4000亿次浮点运算 每秒1万亿次=1012次/秒 ——每半年更新一次，都用在科学研究，工业开发和国防建设等领域。 寻找基因 生物知识体现为基因模型 基因模型的数学实现 马可夫、半马可夫和隐马可夫链 动态规划算法 语言学模型：生成语法 各种数学模型和算法 独立随机模型 马可夫、隐马可夫、半隐马可夫模型 聚类分析 判别分析（discriminance analysis） 动态规划算法 形式语言学方法 生命现象的研究对象复杂多样 系统生物学、生物复杂性、生态系统 生物多样性、种群动力学 动物行为科学 个体、器官、组织 细胞及其通信、信号传导 免疫网络、调控网络、代谢网络 复制、转录、剪接、翻译、运输 生物大分子: 蛋白质与核酸（DNA、RNA） 小分子(糖、脂肪、核苷酸、氨基酸)、金属离子、水 分子和原子的相互作用 新世纪 需要“广谱”科学人才 数、理、化基础 生物知识 计算机和网络技能 从那门学科开始并不重要，要兼容并蓄而不排它，不为自己设限 大科学需要团队精神 做好自己的工作、尊重别人的工作 适应不同的思