南海海洋沉积物放线菌多样性分析及一株放线菌新种的鉴定-生物工程专业论文.docxVIP

优秀毕业论文 精品参考文献资料 南海海洋沉积物放线菌多样性分析及一株放线菌 新种的鉴定 摘 要 南海是我国四大海域中最大、最深，自然资源及生物资源最为丰富的海区， 同时拥有丰富的放线菌资源，目前对这一特色海洋生态系统中的海洋放线菌种 群、数量及多样性值知之甚少，非常有必要对这一海域的放线菌进行多样性研究， 这对于后期纯培养菌株的分离、我国药用微生物资源的开拓具有重要意义。 选取水深 3235m 和 4242m 的两个位点 N40-4、N63-4，构建并分析 16S rDNA 基因克隆文库，进行多样性研究。两个位点均表现出丰富的放线菌多样性，克隆 序列在放线菌门的放线菌纲（Actinobacteria）、酸微菌纲（Acidimicrobiia）、腈基 降解菌纲（Nitriliruptoria）和嗜热油菌纲（Thermoleophilia）四个纲中均有分布。 两个位点之间的种群结构差异较大，N40-4 位点的优势种群是腈基降解菌目 （Nitriliruptorales）和链霉菌目（Streptomycetales）；N63-4 位点的优势种群是 腈基降解菌目（Nitriliruptorales）和酸微菌目（Acidimicrobiales）。将不同分类 单元代表序列与最大已知同源性序列构建 N-J 系统发育进化树，发现很多序列形 成独立的分支，与已知的同源性最大的菌株序列遗传距离较远，表明南海沉积物 拥有独特的放线菌类群，蕴藏大量的新种资源。 利用 7 种不同的培养基对南海 18 个位点沉积物样品进行放线菌的分离纯化, 获得 41 株放线菌，根据菌株形态初步排重后选取 19 株进行 16S rDNA 全长序列 测定。测定结果提交到 EzBioCloud 数据库并进行 Blast 比对，结果显示 19 个菌 株分别属于 10 个属 12 个不同的种，有 14 株分离自深海样品，分别属于 10 个属 10 个不同的种，进一步表明南海深海沉积物放线菌多样性极为丰富。 菌株 OAct400 与已知模式菌株最大序列同源性为 97.73%，可基本确定为一个潜在的 新种；菌株 OAct415 与已知菌株最大同源性为 98.96%，可能是一个潜在的新亚 种，具体分类学位置还需结合其他生理生化指标和化学鉴定指标才能确定。将所 有菌株序列与最大同源性序列构建 N-J 系统发育进化树，发现发育树结构复杂， 分支较多，链霉菌属（Strrptomyces）在发育树中处于一个小的独立分支，表明 链霉菌属并不是优势菌群，南海沉积物放线菌菌群结构与陆地环境不同，多样性 丰富，蕴藏大量的新种资源。 从水深 2093 米的 N42-5 样品中分离的菌株 OAct400，革兰氏阳性，菌落呈 脏白色，无气生菌丝，细胞呈杆状，无孢子结构。根据 16S rDNA 序列同源性比 对，菌株 OAct400 与微杆菌属（Microbacterium）不同菌种的序列相似度在 94%-97.73%之间，相似度最高的是 Microbacterium amylolyticum N5T（97.73%）、 Microbacterium gubbeenense LMG 19263（T 97.44%）和 Microbacterium gubbeenense CIPT（97.43%）三株菌。DNA-DNA 杂交结果显示，OAct400 与这三株菌的亲缘 值均不超过 40%。（G+C）mol%含量为 68%。主要甲基萘醌是 MK-12 和 MK11。 主要脂肪酸是 anteiso-C15:0（41%）、anteiso-C16:0（22%）、anteiso-C17:0（12%） 和 iso-C16:0（6.6%）。主要磷脂类脂有 DPG、PG、PE 和未知的 GL。全细胞主要 糖份有半乳糖、葡萄糖和阿拉伯糖。细胞壁氨基酸主要组分包括谷氨酸、丙氨酸 和赖氨酸。根据以上指标鉴定菌株 OAct400T（=DSM 26811T=KCTC 29185T）代 表微杆菌属的一个新种，并命名为 Microbacterium nanhaiensis sp.nov.。 关键词：南海海洋沉积物；放线菌；非培养；可培养；16S rDNA；多样性 Actinobacterial diversity in the South China Sea sediments and identification of a novel actinomycet species Abstract The South China Sea is the largest sea in the four major seas of China with the deepest depth and abundant of natural biore