NAMD GPU及MIC加速部件下性能分析.docVIP

NAMD GPU及MIC加速部件下性能测试及分析 张丹丹 上海超级计算中心 201203 摘要 文中对分子动力学计算软件NAMD在加速部件NVIDIA GPGPU和Intel? Xeon? Phi?上的性能进行了测试及分析，并与Intel SandyBridge处理器下性能进行了对比。结果发现，在混合加速部件模式下，NAMD可获得2倍以上加速；CPU+K20m混合架构相比CPU+MICs能获得更好性能；Xeon? Phi?集群模式下每节点8个进程可获得更好性能。 关键字 加速部件，GPU，Xeon Phi，NAMD 引言 加速部件计算是HPC的革新，混合加速部件的系统，能提供更好性能和更高能效比。加速部件系统也是目前大规模HPC系统和领先高性能计算的主要形式。 NAMD[1]为分子化学领域的科研人员提供各类规模的分子模拟。NAMD采用经验力场，通过数值求解运动方程计算原子轨迹，预测生物分子的动力学行为和重要性质。同时，NAMD加载charm++并行软件中的运行库，利用分子之间相对独立的微粒特性，将任务并行分配到集群中。 分子动力学计算包括了计算每个时间步所有原子间力、演化及迁移，利用这个力更新原子的位置和速度。这个迁移过程相对力的计算来说花的时间较少，而且是局部的计算。分子间力的计算可广泛地分成2类：成键作用力和非成键作用力计算，非成键作用力的计算时间占据整个计算时间的80%~95