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高温诱导对罗非鱼全基因组甲基化水平的影响研究-动物遗传育种与繁殖专业论文.docx
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保密论文在解密后应遵守此规定。
论文作者签名:肆
导师签名:查盎立幽
万方数据
符号说明
BSP:Bisulfite sequencing PCR,亚硫酸氢盐测序法 cDNA:complementary DNA,互补DNA Cypl9ala:芳香化酶基因 DMRs:甲基化差异区域
ESD:Environment.dependent Sex Determination,环境依赖型性别决定
FSH:Follicle Stimulating Hormone,卵泡刺激素 GSD:Genotypic Sex Determination,基因型性别决定 LH:Luteinising Hormone,促黄体生成素 MeDIP.seq:甲基化DNA免疫共沉淀测序 Nest.PCR:巢式PCR
PCR:polymerase chain reaction,聚合酶链式反应
qRT-PCR:Real-Time Quantitative Polymerase Chain Reaction,实时荧光定量PCR
RAPD:random amplified polymorphic DNA,随机扩增多态性DNA SF-1:Steroidogenic Factor-1,类固醇生成因子.1 TSD:Temperature—dependent Sex Determination,温度依赖型性别决定
TSP:Thermosensitive Pedod,热敏期
万方数据
目录
中文摘要 I
Abstract . .III
1前言 1
1.1尼罗罗非鱼 1
1.2脊椎动物的性别决定机制 。1
1.2.1遗传性别决定机制 1
1.2.2环境性别决定机制 2
1.2.3基因.温度性别决定 。3
1.3性别分化相??基因 ..3
1.3.1芳香化酶基因 4
1.3.1.1芳香化酶和雌激素 4
1.3.1.2芳香化酶基因和其启动子区结构 5
1.3.1.3芳香化酶和雌激素在鱼类性别分化和性别决定中的作用 6
1.3.1.4温度对芳香化酶基因表达的影响 7
1.3.1.5芳香化酶基因的相关转录因子 8
1.3.2 Foxl2基因 .9
1.3.3 Sfl基因 9
1.3.4 Sox9基因 .10
1.3.5 Dmrtl基因 11
1.3.6 Amh基因(MIS) .11
1.3.7 Daxl基因 .12
1.4表观遗传研究现状 12
1.4.1表观遗传学 12
1.4.2 DNA甲基化 .13
1.4.3组蛋白修饰 .14
1.5甲基化研究技术手段 15
万方数据
1.5.1全基因组甲基化研究技术 .15
1.5.2单基因甲基化程度检测方法 .17
1.5.3组蛋白甲基化检测方法 .17
1.6本研究的目的与意义 17
2材料与方法 18
2.1实验材料 18
2.1.1尼罗罗非鱼家系的建立 .1 8
2.1.2尼罗罗非鱼的高温诱导 .18
2.1.3样品的采集和性别鉴定 .19
2.2实验仪器与试剂 19
2.2.1实验仪器 .19
2.2.2实验试剂 .20
2.3主要数据库及软件 20
2.4试验方法 20
2.4.1基因组DNA的提取 ..20
2.4.2 MeDIP.seq样品处理 .21
2.4.3尼罗罗非鱼遗传性别的鉴定 .21
2.4.4亚硫酸氢盐测序 .22
2.4.5染色质免疫共沉淀(ChIP)检测组蛋白甲基化 .23
2.4.6总RNA的提取 ..26
2.4.7反转录合成cDNA .27
2.4.8 cDNA检测 28
2.4.9实时荧光定量PCR 28
2.4.10统计分析 29
3结果与分析 30
3.1 MeDIP.seq测序结果分析 30
3.1.1 MeDIP.seq测序结果数据量统计 .30
3.1.2 MeDIP.seq测序结果的reads在全基因组每条染色体上的分布 30
万方数据
3.1.3各组间差异甲基化基因数量统计 37
3.1.4各组间DMRs在基因不同位置的分布情况 39
3.1.5各组间基
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