10-5 Chapter3 蛋白质化学(F).ppt

Analysis of aa sequence in the polypeptide  (protein sequencing) Sanger.1953, insulin Nobel prize Major step: purification, disulfide bond break(single chain) HCl degradation(6N, 110,180C,36h), aa composition, aa seperation by ion exchange chromatography. N-terminal(DNP, Dansyl-Cl), C-terminal (carboxylase) chemical method, enzymetic method Peptide chain peptide fragment Enzyme. Trypsin (Lys. Arg), Chymotrypsin(Phe, Tyr, Trp), BrCN(Met) Seperation Sequencing aa of peptide fragment Edman reation (degradation, phenlythisoctanate, 异硫氰酸苯脂） Aa sequencing Side chains and secondary structure Shape: Pro having a rigid ring (?–helix disrupter) Size: ?-sheet need small side chain; Leu, Ile, Trp, and Asn having bulky sides (hard to form ?–helix) Charge: too many charged AAs in a short region of one peptide repel each other (hard to form ?–helix) 在蛋白质分子中，由若干相邻的二级结构单元组合在一起，彼此相互作用，形成有规则的、在空间上能辨认的二级结构组合体。几种类型的超二级结构：αα；ββ；βαβ；βββ．　　 α α ββ βαβ ２．Supersecondary Strructure and Domain(超二级结构和结构域) (1) Supersecondary Structure 超二级结构在结构层次上高于二级结构，但没有聚集成具有功能的结构域． 两个βαβ聚集体连在一起形成βαβ αβ结构，称Rossmann折叠 Rossmann Sheet (折叠) βαβ Rossmann折叠 结构域通常是几个超二级结构的组合，对于较小的蛋白质分子，结构域与三级结构等同，即这些蛋白为单结构域。 结构域一般由100~200 个氨基酸残基组成，但大小范围可达 40~400 个残基。氨基酸可以是连续的，也可以是不连续的． 结构域之间常形成裂隙，比较松散，往往是蛋白质优先被水解的部位。酶的活性中心往往位于两个结构域的界面上． 结构域之间由“铰链区”相连，使分子构象有一定的柔性，通过结构域之间的相对运动，使蛋白质分子实现一定的生物功能。 在蛋白质分子内，结构域可作为结构单位进行相对独立的运动，水解出来后仍能维持稳定的结构，甚至保留某些生物活性． （２）Domain (结构域) 结构域是 1970年Edelman提出的，它是指在较大的球状蛋白质分子中，多肽链往往形成几个紧密的球状构象，彼此分开，以松散的肽链相连，此球状构象就是结构域。 对那些较小的蛋白质分子来说，结构域和三级结构往往是一个意思，也就是说是单结构域的。一般来说，大的蛋白质分子可以由2个或更多个结构域组成。 结构域有时也称功能域，功能域是指有功能的部分功能域可以是一个结构域，也可以是两个或两个以上的结构域组成。 从动力学的角度耒看，一条长的多肽链先折叠成几个相对独立的区域，再缔合成三级结构要比直接折叠成三级结构更合理。 从功能的角度耒看，酶蛋白的活性中心往往位于结构域之间，因为连接各个结构域的常常是一条松散的肽链，使结构域在空间上摆动比较自由，容易形成适合底物结合的空间。 Methyl-accepting chemotaxin Protein structure － Domains, motifs and families Domains: structurally independent units of many proteins, connected by sections with limite