基于unigene寻找山羊新microrna及其靶基因-searching for new microrna and its target genes in goats based on uni gene.docxVIP

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2018-05-18 发布于上海
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基于unigene寻找山羊新microrna及其靶基因-searching for new microrna and its target genes in goats based on uni gene.docx

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基于unigene寻找山羊新microrna及其靶基因-searching for new microrna and its target genes in goats based on uni gene

目录1绪论 11.1引言 11.2表达序列标签(ESTs)概述 1EST 序列的获取 2Unigene 数据库 3miRNA 介绍 3miRNA 的发现 3miRNA 的特征 41.3.3动物 miRNA 的生物合成过程 4miRNA 的作用机制 6miRNA 的鉴定方法 61.4本研究涉及的生物信息学软件介绍 7BLAST 7BLAT 10MFOLD 112山羊 microRNA 的鉴定及其实验验证 142.1实验材料 142.1.1实验时间、地点 142.1.2实验动物 142.1.3数据及软件 142.1.4仪器和试剂 142.2实验方法 15山羊 miRNA 的预测 15miRNA 的克隆与检测 152.3结果与分析 182.3.1新的 miRNA 分子筛选 182.3.2已筛选 miRNA 分子的克隆鉴定 202.4讨论 213microRNA 在山羊皮肤中的表达情况及其靶基因表达谱 223.1实验材料 223.1.1实验动物 223.1.2仪器和试剂 223.2实验方法 223.2.1microRNA 荧光定量 PCR 223.2.2靶基因预测 233.3结果 26miRNA 定量结果26miRNA 靶基因表达谱283.4讨论 294microRNA 在山羊肌肉中的表达情况及其靶基因表达谱314.1实验材料 314.1.1实验动物 314.1.2仪器和试剂 314.2实验方法 314.2.1microRNA 荧光定量 PCR314.2.2靶基因预测 314.3结果 31miRNA 定量结果31miRNA 靶基因表达谱324.4讨论 345结论 35致谢 36参考文献 37附录 40作者简介 46插图和附表清单1图 1miRNA 的生物合成过程52图 2BLAST 和 BLAT 的比较 103图 3山羊 miRNA 的鉴定流程 154图 4miRNA 的克隆方法 165图 5山羊 miRNA 前体的二级结构图 196图 6山羊皮肤和肌肉总 RNA 提取结果 207图 7山羊皮肤和肌肉组织 5 条 miRNA PCR 扩增电泳结果 218图 83’端加接头克隆 miRNA 靶基因示意图 259图 9chi-miR-1839 在山羊皮肤中的表达情况 2710 图 10chi-miR-374b 在山羊皮肤中的表达情况 2811 图 11chi-miR-2284n 在山羊皮肤中的表达情况 2812 图 12chi-miR-421/chi-miR-421*在山羊皮肤中的表达情况 2813 图 13皮肤中 miRNA-1839 靶基因 PAGE 电泳图 2914 图 14皮肤中各 miRNA 靶基因模式图 3015 图 15预测 miRNA 在山羊肌肉中的表达情况 3316 图 16肌肉中 miRNA-1839 靶基因 PAGE 电泳图 3317 图 17不同肌肉组织中各 miRNA 靶基因模式图 3518 表 1小 RNA 反转录体系 1719 表 2miRNA PCR 扩增引物序列 1720 表 3miRNA PCR 扩增体系 1721 表 4山羊 miRNA 预测结果 1922 表 55S rRNA 和 miRNA 荧光定量引物序列 2423 表 6荧光定量 PCR 体系 2424 表 7预测靶基因反转录引物和 PCR 扩增引物序列 2525 表 8大分子 cDNA 反转录体系 2626 表 9靶基因筛选 PCR 体系 2727 表 10靶基因重扩增 PCR 体系 2828 表 11山羊肌肉中靶基因测序结果 3529 附表 1已知山羊 miRNAs 4230 附表 2皮肤中 chi-miR-2284n 靶基因片段大小及 12 个月份表达分布情况 4231 附表 3皮肤中 chi-miR-421 靶基因片段大小及 12 个月份表达分布情况 4332 附表 4皮肤中 chi-miR-421*靶基因片段大小及 12 个月份表达分布情况 4333 附表 5皮肤中 chi-miR-374b 靶基因片段大小及 12 个月份表达分布情况 4434 附表 6皮肤中 chi-miR-1839 靶基因片段大小及 12 个月份表达分布情况 4435 附表 7肌肉中 chi-miR-421*靶基因片段大小及在后腿和背最长肌中表达分布情况 4536 附表 8肌肉中 chi-miR-374b 靶基因片段大小及在后腿和背最长肌中表达分布情况 ... 4537 附表 9肌肉中 chi-miR-2284n 靶基因片段大小及在后腿和背最长肌中表达分布情况 .. 4638 附表 10肌肉中 chi-miR-1839 靶基因片段大小及在后腿和背最长肌中表达分布情况 .. 4639 附表 11肌肉中 chi-miR-421 靶基因片段大小及在