基于chip-seq数据研究前列腺癌中雄激素受体相关基因-study on androgen receptor related genes in prostate cancer based on chip - seq data.docxVIP

目 录 HYPERLINK \l _bookmark0 第 1 章 引言 1 HYPERLINK \l _bookmark1 1.1 课题的研究背景及意义 1 HYPERLINK \l _bookmark2 1.2 课题的研究现状 2 HYPERLINK \l _bookmark3 1.3 本文的研究 2 HYPERLINK \l _bookmark4 1.4 论文的组织 3 HYPERLINK \l _bookmark5 第 2 章 ChIP-Seq 技术的介绍 4 HYPERLINK \l _bookmark6 ChIP-Seq 概述 4 HYPERLINK \l _bookmark7 ChIP-Seq 与 ChIP-chip 4 HYPERLINK \l _bookmark8 ChIP-Seq 流程 5 HYPERLINK \l _bookmark9 ChIP-Seq 相关软件介绍 5 HYPERLINK \l _bookmark10 第 3 章 AR 相关的 ChIP-Seq 数据搜集 7 HYPERLINK \l _bookmark11 第 4 章 AR 结合位点的鉴定及基因组注释 9 HYPERLINK \l _bookmark12 4.1 AR 结合位点的鉴定 9 HYPERLINK \l _bookmark13 4.2 AR 结合区域的大小统计分析 10 HYPERLINK \l _bookmark14 4.3 AR 结合位点与转录起始位点的距离分布 11 HYPERLINK \l _bookmark15 4.4 AR 结合位点的基因组注释 13 HYPERLINK \l _bookmark16 4.5 查找新的 AR 结合 motif 15 HYPERLINK \l _bookmark17 第 5 章 AR 调控的基因功能富集分析 17 HYPERLINK \l _bookmark18 5.1 查找 AR 起始转录调控基因 17 HYPERLINK \l _bookmark19 5.2 AR 调控基因的 GO 富集分析 18 HYPERLINK \l _bookmark20 5.3 AR 调控基因的 KEGG 通路富集分析 19 HYPERLINK \l _bookmark21 5.4 AR 调控基因的 GeneGo 通路富集分析 20 HYPERLINK \l _bookmark22 第 6 章 AR 相关富集通路的验证 22 HYPERLINK \l _bookmark23 6.1 文献报道验证 22 HYPERLINK \l _bookmark24 6.2 前列腺癌相关的基因表达数据验证 23 HYPERLINK \l _bookmark25 6.3 前列腺癌相关的 microRNA 表达数据验证 23 HYPERLINK \l _bookmark26 第 7 章 讨论与展望 25 HYPERLINK \l _bookmark27 参考文献 27 HYPERLINK \l _bookmark79 附录一 32 HYPERLINK \l _bookmark80 附录二 34 HYPERLINK \l _bookmark81 附录三 35 HYPERLINK \l _bookmark82 附录四 37 HYPERLINK \l _bookmark83 附录五 39 HYPERLINK \l _bookmark84 致谢 40 基于 C 基于 ChIP-Seq 数据分析前列腺癌中雄激素受体相关基因 第 1 章 引言 PAGE PAGE 11 PAGE PAGE 10 第1章 引言 1.1 课题的研究背景及意义 雄激素受体 Androgen Receptor 简称 AR，属于核受体超家族的一员，是一种类 固醇受体。AR 最主要的功能是作为转录因子与 DNA 结合来调控基因表达[ HYPERLINK \l _bookmark28 1]；除此 之外，AR 也可能在其它地方发挥功能，例如介导激酶信号级联反应激活和调节细胞 内钙水平等[ HYPERLINK \l _bookmark29 2]。人类的 AR 基因位于 X 染色体上，Xq11-12 位置[ HYPERLINK \l _bookmark30 3]。 AR 主要作用机制是在细胞质中与雄激素结合从而被激活，原来结合的热休克蛋 白解离（当无雄激素时 AR 会与热休克蛋白结合），AR 的自身构象发生改变形成二 聚体，同时从细胞质转运到细胞核内，激素受体复合物在细胞核内与 DNA 序列中 的特定区域结合，从而激活雄激素依赖基因的转录