微生物学 生态课件.pptVIP

第八章 微生物的生态 第一节 微生物在自然界的分布与菌种资源的开发 (2)海水型水体微生物 1）海水的含盐量3%左右，能在其中生活的微生物为嗜盐菌。 真正的海洋细菌在缺少氯化钠的情况下是不能生长的，为：一些藻类以及细菌中的芽孢杆菌属、假单孢菌属、弧菌属及一些发光细菌等。 2）除了在热带海水表面外，在其它海水中发现的细菌多为嗜冷菌。 3）在深海或超深海由于黑暗、寒冷和超高压只有少数耐压菌才可生长，少数微生物甚至可在600个大气压下生长。如水活微球菌和浮游植物弧菌等。 （三） 空气中的微生物 1、 无原生的微生物区系 空气中不含微生物生长繁殖所必须的营养物、充足的水分和其他条件，且日光中的UV还具强烈的杀菌作用，因而不宜于微生物的生存。 2、来源 土壤、水体及人类的生产、生活活动。 3、种类 主要为真菌和细菌，一般与其所在环境的微生物种类有关。 4、数量 取决于尘埃数量。 （五）极端环境下的微生物 极端环境：高温、低温、高酸、高碱、高盐、高毒、高渗、高压、干旱或高辐射强度等绝大多数生物都无法生存的环境。 极端微生物（嗜极菌）：凡依赖于这些极端环境才能正常生长繁殖的微生物。 极端环境 极端环境微生物的研究意义 条件致病菌：由于正常菌群失调，原先某些不致病的正常菌群成员就会乘机转移或大量繁殖，成为致病菌。 内源感染：由条件致病菌引起的感染。 微生态制剂：根据微生态学理论而制成的含有有益菌的活菌制剂。 微生态学：从细胞和分子水平上研究微观层次上的生态学规律。 人体五大微生态系统：消化道、呼吸道、泌尿生殖道、口腔及皮肤。 益生菌剂：一类分离自正常菌群，以高含量活菌为主体，以口服或粘膜途径投入，以改善宿主特定部位微生态平衡并有其他有益生理活性的生物制剂。 二、 菌种资源的开发 菌种开发的一般步骤： 采集菌样→富集培养→纯种分离→性能测定。 现代分子生态学 微生物生态学研究什么？ 1，有什么 2，做什么 3，能做什么 4，我们利用他们做什么 对环境中微生物种群的类型和数量进行及时和准确的分析测定在微生物生态研究中十分重要，传统的微生物分析测定方法，包括显微镜微生物形态观察、选择性培养基计数、纯种分离和生理生化鉴定等，在环境样品研究中都存在巨大缺陷。 近年来， 人们运用微生物生物化学分类的一些生物标记，包括呼吸链泛醌、脂肪酸和核酸，来进行环境样品中的微生物种群分析。 其中，以16S rRNA／DNA为基础的分子生物学技术已成为普遍接受的方法，该技术主要利用不同微生物在16S核糖体RNA (rRNA)及其基因(rDNA)序列上的差异来进行微生物种类的鉴定和定量分析。 微生物多样性与DNA指纹技术 环境样品中的微生物DNA提取物通常是不同微生物的DNA混合物，经过PCR后，其产物是序列等长但不同源DNA片段的混合物。混合物中序列的多样性和不同序列的丰度在一定程度上反映了原始样品中微生物种群的多样性和不同物种的丰度。如果可以将这些序列等长但不同源DNA片段分离开，则可对样品中微生物群落的组成进行初步的分析。经过多年的研究，现在已经有多种DNA指纹技术，又称为多态性分析 变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis，DGGE） DGGE的原理是：在碱基序列上存在差异的不同DNA双链解链时需要不同的变性剂浓度，DNA双链一旦解链，其在聚丙烯酰胺凝胶中的电泳速度将会急剧下降；因此，将PCR扩增得到的等长的DNA片段加入到含有变性剂梯度的凝胶中进行电泳，序列不同的DNA片段就会在各自相应的变性剂浓度下变性，发生空间构型的变化，导致电泳速度的急剧下降，以至停留在其相应的不同变性剂梯度位置，染色后可以在凝胶上呈现为分开的条带。每个条带代表一个特定序列的DNA片段。在不同泳道中停留在相同位置的条带，一般可视为具有相同的DNA序列。 16S rDNA文库 有了微生物16S rDNA序列，不论是全长还是部分，都可以提交到GenBank采用BLAST程序与已知序列进行相似性分析。Gen Bank将按照与测得序列的相似性高低列出已知序列名单、相似性程度以及这些序列相对应的微生物种类，但更为精确的微生物分类还取决于系统发育分析(phylogenetic analysis)。系统发育分析，就是根据能反映微生物亲缘关系的生物大分子(如16S rDNA 、ATP酶基因)的序列同源性，计算不同物种之间的遗传距离，然后采用聚类分析等方法，将微生物进行分类，并将结果用系统发育树(phylogenetic tree)表示。 基因探针设计 虽然上述从核酸提取到PCR、克隆、测序和系统发育分析的技术路线，可以给