非编码调控区域的突变和表达模式.pptVIP

文献解析 癌症业务线 Recurrent noncoding regulatory mutations in pancreatic ductal adenocarcinoma 基本信息 疾病类型 胰腺导管腺癌 疾病类型英文名 pancreatic ductal adenocarcinomas 发表时间 2017.05 主要研究单位 冷泉港实验室 刊物 Nature Genetics 影响因子（IF） 27.959（2017） 主题：胰腺导管腺癌中的高频非编码调控突变 技术策略 308个病人的Somatic SNV/Indel FunSeq2 recurrent noncoding variants 对应96个病人的RNA-Seq expression data Each CRR variant Each CRR class Identify any genes within 2kb of CRR Permutation testing to identify CRR affecting expression Pvalue 0.05 for variants with expression data in at least 3 patients Determine mutation rates for each CRR class Pathway enrichment Patient survival analysis Normalize mutation rates for size and abundance Compute expression modulation scores Noncoding mutations that drive differential gene expression 背景介绍 胰腺癌（PDA）由于难以诊断和耐药性，是一种高度致命的恶性肿瘤，其5年生存率仅为6%。全基因组测序（WGS）分析发现PDA中平均每Mb的体细胞突变率为2.64个，表明PDA肿瘤通常携带数千个突变，其中大部分突变位于非编码区。而非编码区的突变影响癌症的研究目前还很有限。 因此，本文作者开发了基因组富集聚类流程（GECCO）来研究单一癌种中的非编码突变，鉴定调控（CRR）突变作为诊断和预后的标志物，探究肿瘤发生发展的新机制。 结果解析： 308个病人突变的整体情况 经过FunSeq2注释筛选得到高频非编码突变 大部分非编码突变位于转录因子结合位点， 增强子区域，DNA酶I超敏感位点 GECCO分析得到了16个高 频非编码突变区域临近基因 的表达量显著下调 其中磷酸酶PTPRN2和离子转运 蛋白SLC12AB在低表达时会降低 总体生存率和疾病生存率 非编码调控元件对相关基因表达的影响 非编码调控表达的验证 荧光表达实验显示PTPRN2，PDPN， TUSC7，SNRNP和MTERF4 非编码区 突变型在1个或多个细胞系中的表达量 低于野生型 验证了GECCO得到的结果 非编码调控区域的突变和表达模式 除了单个基因，GECCO计算了每一类CRR的突变率和对基因表达的影响（EMS）。 得到对基因有显著转录激活作用（图中橘色9个）和对基因有显著转录抑制作用（图中绿色12个） 的CRR class。然后对这些CRR调控的相关基因进行通路富集分析。 图 CRR class的突变率 激活或抑制作用的CRR相关基因通路富集分析 a.转录抑制基因通路富集 b.转录激活基因通路富集 总结 文章开发了一套流程GECCO，利用WGS数据和RNA-Seq数据来研究胰腺癌中的非编码突变。在单基因水平和整体水平探究顺式调控元件中的突变对相关基因的表达造成的影响。 高频非编码区突变多位于PDA通路相关基因附近，而不是已知PDA突变基因的非编码区 PTPRN2和SLC12A8转录因子结合位点突变导致表达量下降，联合临床信息描述低表达时预后不良 通路富集分析，抑制转录的非编码突变基因位于PDA相关通路，激活转录的非编码突变基因可能通过染色质修饰来调节转录强度 亮点 重点关注非编码区的Somatic SNV/Indel，结合RNA-Seq数据，开发了一套流程GECCO研究单一癌种中的高频非编码突变。 通过流程筛选出对相关基因表达量有显著上调或下调作用的高频非编码突变，并对相关基因进行通路富集分析，关联临床信息，提供了一种新的思路和方法寻找癌症诊断和预后的标志物。 评价： 软件： FunSeq2：突变注释软件（包括编码区和非编码区） DAVID：通路富集分析 StatView：生存率分析 流程： GECCO：研究高频非编码突变对相关基因表达的影响 对于文章用到的软件和流程，在基因组水平(FunSeq2注释非编码突变)上