分子生物学-15-1-基因组和 与比较基因组学.pptVIP

人类基因组测序策略 克隆重叠群法：对连续克隆系中排定的BAC克隆逐个进行亚克隆测序并进行组装（公共领域测序计划） 全基因组鸟枪法：在一定作图信息基础上，绕过大片段连续克隆系的构建而直接将基因组分解成小片段随机测序，利用超级计算机进行组装（美国Celera公司） Page 447 A B 改进后的鸟枪法(adopted by both IC and Celera) page447 Strategies for sequencing the human genome Clone contig approach By mapped clones Directed shotgun approach By whole genome shotgun Construction of maps of ordered landmarks (genetic markers,genes): procides long-range map and organisation into individual charomosomes Physical maps of Overlapping clones Anchored to the Landmark maps Selection of tile path (dones in red) Shotgun sequencing and assembly (for working draft); Subsequent directed finishing (for reference sequence) Paired end sequencing of Large-indert clones Assembly of seed Contig (unitigs) Incorporation of other Sequences, and Integration of Long-range data Shotgun sequencing of Short-insert clones Public effort- strategy: Celera - strategy: Sequencing Strategies Celera’s view of International Consortium International Consortium’s view of Celera Unfair competition: IC delivering the same goods but with state funding. Unfair competition: Celera delivering the same goods but can use IC data, while IC cannot use Celera data. A 国际人类基因组测序策略 多个群体的人的DNA样本 ↓ 构建BAC克隆 ↓ 限制性酶处理获得指纹(图谱) ↓ 根据指纹重叠方法组建BAC克隆重叠群 ↓ 根据STS标记,将BAC克隆重叠群标定在物理图上 ↓ 每个BAC克隆内部采用鸟枪法测序,组装 ↓ 将BAC插入顺序与BAC克隆指纹极重叠群对比,将已阅读的顺序锚定到物理图上 Clone contig approach 逐个克隆法（clony by clony） 采集5个自愿者的DNA样品 构建3种不同插入子大小的基因组文库2Kb, 10Kb和50Kb 完成约2700万次插入子末端测序,总长14800Mb GeneBank下载104018个BAC末端顺序 PFP发表的公开数据主要为BAC克隆的顺序,共4443.3Mb 随机测序与序列组装方法和 指导测序与序列组装方法 相结合进行序列组装 B. Celera 的策略 Directed shotgun approach 2001年2月15日，《nature》发表美、英、日、法、德、中6国科学家公布的结果：更加准确、清晰、完整的人类基因组图谱，并指出人类基因总数只有 3 ~ 3.5万个, 编码序列占2%。 2001年2月16日，《science》 发表celera公司的结果 2001年7月10日，中国“人类基因组计划”重大项目秘书长杨焕明教授宣布：在人类基因组完成图的绘制工作中，中国已率先超额（1.13%）完成所承担的任务。 2000年6月公共领域测序计划工作框架图 2000 年 12 月美、英等国科学家宣布绘出拟南芥基因组的完整图谱，这是人类首次全部破译出一种植物的基因序列。 Arabidopsis thaliana 11.2.2人类基因组计划的目的 阐明人类