分子育种学课件分子标记和 与植物育种.ppt

p=(1-r)2 单标记 n=Log(1-P)/Log(1-p) 双标记 选择正确率： 最少选择株数： p=(1-r1)2(1-r2)2/[(1-r1) (1-r2)+r1*r2)]2 至少选到1株目标个体的概率 ②背景选择法（background selection ; Hospital等 1997） 背景选择：对基因组中除目标基因外的其它部分的选择 与前景选择不同，背景选择的对象几乎包括了整个基因组，因此，牵涉到全基因组选择的问题。要对整个基因组进行选择，就必须知道每条染色体的组成。这就要求用来选择的标记能够覆盖整个基因组，也就是必须有一张完整的分子标记连锁图。 图示基因型：根据标记的来源，推测出一个反映全基因组组成状况的连续的基因型，用计算机程序将这种连续的基因型用直观的图形表示出来。指导背景选择 先前景选择，后背景选择 EST-PCR标记是EST计划衍生的产物 EST标记：根据EST本身的差异而建立的标记 建立EST标记的策略：A）用其做探针，建立EST-RFLP标记；B）根据EST的序列设计引物，对基因组特定区域进行特异性扩增，EST-PCR、EST-SSR标记；C）比较序列差异：EST-SNP标记 通用性较高，但在种内揭示的多态性能力低 提高措施：A）设计引物时尽量靠近5’或3’端非翻译区；B）扩增片段的酶切；C）PAGE分析 10) EST-PCR标记 （Expressed Sequence Tags PCR，EST-PCR） 白菜EST-PCR引物的筛选及2对引物P003和 P031 在不同品种间显示的的多态性 11) SCAR（Sequence Characterized Amplified Region SCAR） SCAR标记是Paran等（1993）提出的特异引物PCR标记 原理：由RAPD标记转化而来的，为了提高RAPD标记的稳定性，将RAPD片段回收并进行克隆和测序，根据其碱基序列设计一对特异引物，或根据其末端序列在原随机引物上增加相邻的14个左右碱基，成为与原RAPD片段末端互补的特异引物。以此特异引物对基因组DNA再进行PCR扩增，便可扩增出与克隆片段同样大小的特异带 SCAR标记一般表现为扩增片段的有无，是显性标记；但有时也表现为长度的多态性，为共显性的标记。对前者可直接在PCR反应管中加入溴化乙锭，在紫外灯下观察有无荧光来判断有无扩增产物，从而检测DNA间的差异，这样可省去电泳的步骤，使检测变得方便、快捷、可靠；相对于RAPD标记，结果稳定性好、可重复性强 紫丁香蘑接合型SCAR标记 12) 序列标签位点标记（Sequence Tagged Site， STS） STS技术是基于RFLP发展起来的标记技术，Olson等(1989)首先在人类基因组的物理图谱研究中使用它 STS原理：根据单拷贝的DNA片段两端的序列，设计一对特异引物，扩增基因组DNA而产生的一段长度为几百bp的特异序列。 STS标记采用常规PCR所用的引物长度，因此PCR分析结果稳定可靠。RFLP标记经两端测序，可转化为STS标记。 STS在基因组中往往只出现一次，从而能够界定基因组的特异位点。STS标记可作为比较遗传图谱和物理图谱的共同位标 水稻STS标记图例 13）切割扩增多态序列 （Cleaved Amplified Polymorphic Sequences， CAPS） CAPS标记建立于1993年，是特异引物PCR与限制性酶切相结合而产生的一种DNA标记，它实际上是一些特异引物PCR标记的一种延伸， 当使用SCAR、STS或EST标记不表现多态性时，一种补救办法就是用限制性内切酶对扩增产物进行酶切，然后再通过琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶电泳检测其多态性，用这种方法检测的DNA多态性即CAPS标记。 CAPS揭示PCR产物DNA序列内限制性酶切位点变异的信息，表现为限制性片段长度的多态性—共显性 CAPS的多态性产生图例 14）dCAPS?标记 （Derived Cleaved Amplified Polymorphic Sequence） Neff M M et al(1998):The Plant Journal, 14(3):387–392 原理：SNP 不在限制性酶切位点上，可在CAPS?标记的基础上通过在扩增引物中引入错配碱基，则可以结合 SNP 引入新的限制性内切酶作用位点，产生与 CAPS类似的标记 用 CAPS 或?dCAPS?的方法则可以将几乎所有 的 SNP 位点转化成以 PCR 为基础的分子标记。 dCAPS Finder 2 Uncut MnlI BslI 引入错配 15）SCoT(目标起始密码子多态性)标记 (start codon targeted polymorphism，SCoT)