chip-03基因教学课件.ppt

建立健康人全基因组表达谱 END * * * * * * Prototype AmpliOnc? I Biochip AmpliOncTM I Biochip after hybridization; color composite of red, blue and green image This biochip contains all genomic regions that have been reported to be amplified in cancers. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 X Y Oncogene Targets On the AmpliOnc? I Biochip PDGFB EGFR1 PDGFRA MET FGFR2 WNT1 MYB HER2 YES1 HRAS1 CND1 RAF1 GLI MYC MDM2 20q13 REL MYCL1 FGR FES ABL INT2 PIK3CA NMYC AKT2 FGFR1 JUNB AKT1 KRAS2 CDK4 AR 基因芯片技术应用 SNPs STRs analysis Single Nucleotide Polymorphisms Short Tandem Repeats Polymerase Ligase 如果一个特定的SNP存在 荧光标记的基因组探针→显示阳性信号 如果不存在→ → →不显示信号 单核苷酸多态性 小范围的DNA的单个碱基的变异 芯片固定包含特定SNP的寡核苷酸序列 个体DNA 杂交 基因区分不同的个体: 缺点: 每个个体必须用一片微矩阵或芯片检测 即大规模的昂贵的检测 SNPs Typing~ by Ligase 阳性 连接成功 双链形成 加寡核苷酸链 连接 连接失败 阴性 SNPs Typing~ by Polymerase(1) 双链形成 加核苷酸 聚合 延伸成功 阳性 延伸失败 阴性 STRs Typing(1) 阵列 侧视 俯视 重复单位 重复数 阵列与靶-报告分子杂交 连接 互补区 STRs Typing(2) 变性 标记 0 1 2 3 4 5 STRs Typing(3) 4 mRNA材料文本 生物信息学资料分析 蛋白质检测 蛋白质分析 定量PCR 基因表达芯片 活组织芯片 功能基因组学方法 功能基因组学研究 基因功能分析研究 用特异性靶基因制芯片， 用来源不同的mRNA或逆转录的cDNA进行检测， 判断基因表达的特异性， 综合评定基因的功能。 鉴别诊断 鉴别诊断 似， 装的 与传统 致，因 的化学 或 其 和 同的微 同一基 阵列的 A A G A G C T A G C T A G C T A G C T A G C T A G C T A G C T A G C T TCGA TCGA TCGA TCGA TCGA A GA 样品的准备 (1) 样品的分离纯化 (2) 样品的扩增 (3) 样品的标记 分子杂交 激光共聚焦荧光检测法 生物传感器法 水稻杂交 Results Whole genome oligo (70mer) array 总RNA探针： 水稻panicles(红) 培养水稻细胞（绿） 扫描仪机理 共聚焦光学 光电倍增管（PMTs） CCD 图像输出格式：Tiff文档 杂交信号强弱用数值表示 数据的标准化 扫 描 基因芯片扫描仪 数据分析 Schaffer R., etc., The Plant Cell 2001, 13:113-123 Ratio 基因表达谱分析 对基因表达的个体特异性、组织特异性、发育阶段特异性、分化阶段特异性、病变特异性进行综合分析，获得基因表达谱，建立基因调控网络。 所有基因的聚类分析 列：不同基因行：不同实验红色：表达增强绿色：表达减弱黑色：不变 芯片杂交测序的原理 ★ 任何线状的