《生物信息学)microRNA相关数据库简介教材课程.pptVIP

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2018-05-31 发布于天津
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《生物信息学)microRNA相关数据库简介教材课程.ppt

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《生物信息学)microRNA相关数据库简介教材课程.ppt

microRNA相关数据库简介;关于microRNA;microRNA 的成长过程;microRNA信息网站;2. 序列保守性及其它因素：序列保守性：miRNA结合位点在多个物种之间如果具有保守性，则该位点更可能为miRNA的靶位点。热动力学因素：miRNA/target对，形成的自由能越低，其可能性越大。位点的可结合性：mRNA的二级结构影响与miRNA的结合形成双链结构的能力。 UTR碱基分布：miRNA结合位点在UTR区的位置和相应位置的碱基分布同样影响miRNA与靶基因位点的结合和RISC的效率。 miRNA的分布与靶基因组织分布的相关性也是在做靶基因预测时要考虑的重要因素。;用于miRNA靶基因预测的软件种类很多，包括miRanda, EMBL, PicTar, TargetScan(S), DIANA-microT 3.0, PITA, ElMMo, rna22, GenMiR++, TarBase, miRBase, miRGen-Targets等。虽然现有的几种预测程序在技术细节上有所不同，但它们预测的基本原理相似，都是基于miRNAs与靶标的结合机制。;2003年，Stark等通过程序对黑腹果蝇全基因组搜寻鉴定潜在的miRNA靶标首先得到成功。因为黑腹果蝇全基因组序列提供了丰富而且精确的3’UTRs的信息。把果蝇的3’UTRs与拟南芥、果蝇和冈比亚按蚊的3’UTRs比对找出保守3’ UTRs的序列组成一个保守的3’UTRs数据库，然后用HMMer比对搜寻工具搜寻该数据库与已知miRNA第2-8个核苷酸完全互补配对的3’UTRs序列，再用mfold软件判断miRNA靶标复合体的热力学稳定性。此方法预测出果蝇许多未知的靶标，其中有6个靶标得到实验验证。;;预测软件的效能;靶基因的验证试验;关于芯片数据库;GEO;Arrayexpress