(软件)真核生物基因结构的预测分析方法.ppt

课堂练习 使用CodonW分析基因的密码子使用偏好， 了解密码子偏好分析中各指数的含义。 * * 内含子/外显子剪切位点识别 如何分析核酸序列中的外显子组成？ 通过对特征序列(GT-AG)的分析进行直接的预测基因预测软件（NetGene2） 与相应的基因组序列比对，分析比对片段的分布位置（Spidey） * * 剪切位点识别：NetGene2 http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/ 提交序列 选择物种 * NetGene2输出结果 供体位点 受体位点 可信度 相位 * mRNA剪切位点识别：Spidey NCBI开发的在线预测程序 用于mRNA序列同基因组序列比对分析 /spidey * Spidey同源序列的获得:序列比对 通过BLAST进行序列比对，找到可能同源的相似性好的一系列mRNA序列。 BLAST比对到的三条mRNA序列 * 输入基因组序列或序列数据库号 输入相似性序列 判断用于分析的序列间的差异，并调整比对参数 不受默认内含子长度限制， 默认长度：内部内含子 为35kb, 末端内含子为100kb 比对阈值 选择物种 输出格式选择 * Spidey输出结果 第一条蓝色序列为基因组序列，橘黄色为外显子 外显子对应于 基因组上的 起始/结束位置 外显子对应于 mRNA/cDNA上的 起始/结束位置 供体、受体位点 外显子 长度 一致性 百分比 错配和gap 外显子 序号 序列联配结果 * 课堂练习 1 练习两种预测剪切位点的软件的使用，NetGene2和Spidey。 2 Spidey的同源序列文件保存在c:\zcni\shixi2文件下，名字为Spidey.txt，使用写字板打开查看。 * 选择性剪切（Alternative splicing）分析 选择性剪接是调控基因表达的重要机制 了解不同物种、细胞、发育阶段、环境压力下基因的调控表达机制 * 选择性剪接的类型 选择性剪切的五种基本类型: 内含子保留. 5‘端选择性剪切位点. 3’端选择性剪切位点. 外显子遗漏. 互斥外显子. * 查询选择性剪切相关的网站 http://www.ebi.ac.uk/astd/main.html 综合 http://splicenest.molgen.mpg.de/ 综合 /new_alt_exon_db2/ 综合 .tw/ .au/altExtron 人 /~kent/intronerator/altsplice.html 线虫 /tdb/e2k1/ath1/altsplicing/splicing_variations.shtml 拟南芥 从已知基因的功能推测剪切机制 * 选择性剪切查询：ASTD数据库 http://www.ebi.ac.uk/astd/main.html 输入基因名称 选择物种类型 * ASTD数据库检索结果：基因描述信息 导出序列文件 * ASTD数据库检索结果：选择性剪切的mRNA 十一种选择性剪切产物 * ASTD数据库检索结果：表达的组织特异性 在不同组织中各种选择性剪切体 的表达差异 十一种不同的选择性剪切产物 * Thanks! * * * * 1.原核,简单的基因结构 2.真核 3.微生物，原核生物基因组 * * * * * * http://splicenest.molgen.mpg.de :人，果蝇，拟南芥 * 实习一 基因组数据注释和功能分析 实习二 真核生物基因结构的预测分析 实习三 芯片的基本数据处理和分析 实习四 蛋白质结构与功能分析 实习五 蛋白质组学数据分析 实习六 系统生物学软件实习 课程内容 基因组学 转录物组学 蛋白质组学 系统生物学 * 基因组序列cDNA序列 编码区预测 Codon bias GC Content 限制性酶切位点 基因结构分析 选择性剪切 转录调控因子 序列比对 功能注释 KEGG GO 系统发育树 蛋白质序列 翻译 蛋白质理化性质 二级结构预测 结构域分析 重要信号位点分析 三级结构预测 基因组功能分析 * 真核生物基因的主要结构 * 基因结构分析 开放读码框 GENSCAN GENOMESCAN CpG岛 CpGPlot 转录终止信号 POLYAH 启动子/转录起始位点 PromoterScan 密码子偏好分析 CodonW mRNA剪切位点 NETGENE2 Spidey 选择性剪切 ASTD 基因结构分析常用软件 * 开放读码框的识别 开放读码框（open reading frame, ORF) 是一段起始密码子和终止密码子之间的碱基序列 ORF 是潜在的蛋白质编码区 * 基因开放阅读框/基因结构分析识别工具 ORF Finder /gorf/gorf.ht