利用Agilent2100生物分析仪系统简化DV200评价.PDF

利用 Agilent 2100 生物分析仪 系统简化 DV200 评估 技术概述 作者 前言 Eva Graf RNA 样本的质量评估对于成功完成 RNA 测序工作流程中的文库制备至关重要。 安捷伦科技有限公司 Agilent 2100 生物分析仪系统能够通过总 RNA Nano 和 Pico 分析实现 RNA 样 Waldbronn, Germany 本量和完整性的高重现性评估。一般来讲，RNA 完整值 (RIN) 是一种适用于评 价 RNA 测序样本完整性的参数。建立源自福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织 样本的 RNA 测序方法时，需要通过片段大小分布来进一步区分降解的 RNA 样 本。DV200 质量指标表示超过 200 个核苷酸的 RNA 片段的百分比，并且与 FFPE 1 样本的捕获前文库产率表现出高度关联性 。 本技术概述介绍了在 Agilent 2100 生物分析仪系统上使用 DV200 RNA Nano 和 DV200 RNA Pico 分析简化 DV200 的评估。 DV200 RNA Nano 和 Pico 分析的主要改进在于： • 预定义的 DV200 区域 • DV200 默认展示在区域表中 • 结果根据 DV200 范围进行标记 • DV200 范围显示在芯片汇总中 技术详情 使用 Agilent 2100 生物分析仪系统， 该系统配备 Agilent 2100 Expert 软 件版本 B.02.08、Agilent RNA 6000 Nano 试剂盒（部件号 5067-1511） 和 Agilent RNA 6000 Pico 试剂盒（部 件号 5067-1513）。除非另有说明， 否则按照制造商的方案和指南进行操 作。FFPE RNA 样本由国家肿瘤疾病 中心（NCT ，德国海德堡）的组织库 提供，本应用符合组织库的规定并获 得海德堡大学伦理委员会的批准。 数据分析 DV200 RNA 分析能够自动定义一个 包含 200 至 8000 个核苷酸的区域， 如图 1 所示。对应的 DV200 显示在区 域表的总百分比一列中。所有样本 的 RIN 算法不受影响。选择结果表， DV200 会包含在导出并打印的数据中。 图 1. 从 FFPE 组织中提取的 RNA 样本的 DV200 区域 此外，可以从芯片汇总表中复制 DV200 范围。 DV200 范围 颜色 结果标记 70% 绿色 50–70% 黄色 可根据 DV200 指标对降解的 RNA 样本 30%–50% 橙色 按片段大小分布进行分类。一些 RNA 30% 红色 序列库方案推荐根据样本的 DV200 范 围采用 RNA