生物信息学实验指导2014-2015-1解增言.docVIP

生物信息学?实验指导 适用专业： 编写：解增言 生物信息学?院 2014年? 目录 实验1 在线BLA?ST同源序? 3 实验2 本地BLA?ST同源序? 8 实验3 利用Clu?stalX?与MEGA?进行多序列?比对与分子?系统发生树?构建 10 实验4 利用RNA?fold预? 14 实验5 Pfam蛋? 17 实验6 利用PSS?pred预? 19 实验7 利用Cn3?D和Ras?Mol分析? 21 实验8 利用GO及?EST数据? 24 实验1 一、实验目的 1． 了解同源序?； 2． 掌握利用N?。 二、实验原理 在生物学种?系发生理论?中，若两个或多?个结构具有?相同的祖先?，则称它们同?源（ogous?）。在生物信息?学研究中，。 最常见的比?对是蛋白质?序列之间或?核酸序列之?间的两两比?对，通过比较两?个序列之间?的相似区域?和保守性位?点，寻找二者可?能的分子进?化关系。进一步的比?对是将多个?蛋白质或核?酸同时进行?比较，寻找这些有?进化关系的?序列之间共?同的保守区?域位点，从而探索导?致它们产生?共同功能的?序列模式。此外，还可以把蛋?白质序列与?核酸序列相?比来探索核?酸序列可能?的表达框架?；把蛋白质序?列与具有三?维结构信息?的蛋白质相?比，从而获得蛋?白质折叠类?型的信息。 比对还是数?据库搜索算?法的基础，将查询序列?与整个数据?库]的所有序列?进行比对，从数据库中?获得与其最?相似序列的?已有的数据?，能最快速的?获得有关查?询序列的大?量有价值的?参考信息，对于进一步?分析其结构?和功能都会?有很大的帮?助。近年来随着?生物信息学?数据大量积?累和生物学?知识的整理?，通过比对方?法可以有效?地分析和预?测一些新发?现基因的功?能。 序列两两比?对 序列比对的?理论基础是?进化学说，如果两个序?列之间具有?足够的相似?性，就推测二者?可能有共同?的进化祖先?，经过序列内?残基的替换?、残基或序列?片段的缺失?、以及序 列重组等遗?传变异过程?分别演化而?来。序列相似和?序列同源是?不同的概念?，序列之间的?相似程度是?可以量化的?参数，而序列是否?同源需要有?进化事实的?验证。在残基－残基比对中?，可以明显看?到序列中某?些氨基酸残?基比其它位?置上的残基?更保守，这些信息揭?示了这些保?守位点上的?残基对蛋白?质的结构和?功能是至关?重要的，例如 它们可能是?酶的活性位?点残基，形成二硫键?的半胱氨酸?残基，与配体结合?部位的残基?，与金属离子?结合的残基?，形成特定结?构moti?f的残基等?等。但并不是所?有保守的残?基都一定是?结构功能重?要的，可能它们只?是由于历史?的原因被保?留下来，而不是由于?进化压力而?保留下来。因此，如果两个序?列有显著的?保守性，要确定二者?具有共同的?进化历史，进而认为二?者有近似的?结构和功能?还需要更多?实验和信息?的支持。通过大量实?验和序列比?对的分析，一般认为蛋?白质的结构?和功能比序?列具有更大?的保守性，因此粗略的?说，如果序列之?间的相似性?超过30%，它们就很可?能是同源的?。 早期的序列?比对是全局?的序列比较?，但由于蛋白?质具有的模?块性质，可能由于外?显子的交换?而产生新蛋?白质，因此局部比?对会更加合?理。通常用打分?矩阵描述序?列两两比对?，两条序列分?别作为矩阵?的两维，矩阵点是两?维上对应两?个残基的相?似性分数，分数越高则?说明两个残?基越相似。因此，序列比对问?题变成在矩?阵里寻找最?佳比对路径?，目前最有效?的方法是N?eedle?man-Wunsc?h动态规划?算法，在此基础上?又改良产生?了Smit?h-Water?man算法?和SIM算?法。在 FASTA?程序包中可?以找到用动?态规划算法?进行序列比?对的工具L?ALIGN?，它能给出多?个不相互交?叉的最佳比?对结果。 在进行序列?两两比对时?，有两方面问?题直接影响?相似性分值?：取代矩阵和?空位罚分。粗糙的比对?方法仅仅用?相同/不同来描述?两个残基的?关系，显然这种方?法无法描述? 残基取代对?结构和功能?的不同影响?效果，缬氨酸对异?亮氨酸的取?代与谷氨酸?对异亮氨酸?的取代应该?给予不同的?打分。因此如果用?一个取代矩?阵来描述氨?基酸残基两?两取代的分?值会大大提?高比对的敏?感性和生物?学意义。虽然针对不?同的研究目?标和对象应?该构建适宜?的取代矩阵?，但国际上常?用的取代矩?阵有PAM?和 BLOSU?M等，它们来源于?不同的构建?方法和不同?的参数选择?，包括PAM?250、BLOSU?M62、BLOSU?M90、BLOSU?M30等。对于不同的?对 象可以采用?不同的取代?矩阵以获得?更多信息，例如对同源