6-羟甲基-7，8-二氢喋呤磷酸化酶的分子对接和分子动力学模拟研讨.pdf

摘要 摘要 本论文主要围绕HPPK酶及其复合物、突变体进行了理论计算方面的研究， 主要包括分子对接和动力学模拟两个部分；另外，对定量结构一活性，性质关系 这一方法进行了部分改进，概述如下： 第一部分主要是使用DOCK4．0程序基于HPPK酶进行了分子对接研究。 首先从受体表面的表征方法(connolly、dins)、活性部位的大小来看对对接结 果的影响，发现在合适的活性部位大小，调整各种重要的参数条件下，使用 connolly受体表面表征方法得到的对接结构比较稳定，而且晶体结构的重现性 较好，rmsd为2．93A，接近2A，但仍没有达到2A以内，仍然没有达到进行数 据库的参数标准。 然后保留活性部位的金属镁离子，加入其参数，对HPPK复合物晶体结构 进行分子对接研究，以HPPK和含有金属离子M92+的HPPK为受体，底物HP 的类似物为配体进行了分子对接，同时并考虑了活性口袋的大小。发现活性部 位对对接结果有一定的影响，而金属离子M92+在HPPK中是主要的催化中心， 通过形成配位复合物，将底物与酶结合在一起，从而使酶蛋白的构象稳定于催 化活性形式，在对接中起着非常重要的作用，使晶体结构的重现性rmsd值在 2A以内，加入金属镁离子的参数可以进行数据库对接。 最后使用connolly受体表面表征方法、加入金属镁离子参数等调整好的参 数文件基础上进行了MDL数据库ACD3D子库的对接。发现在合适的活性口袋 下金属离子的加入不仅提高了对接的准确度同时提高数据库筛选的命中率，通 过对MDL／ACD3D对接结果的分析，发现对HPPK具有抑制活性的化合物的共 同的结构特征，其中几个化合物有待购买后进行相应的药理测试。因此基于 HPPK受体结构的合理药物设计为设计新的HPPK抑制剂提供有益的指导。 第二部分主要对HPPK及其复合物、突变体进行了动力学模拟研究。首先 探讨了HPPK在溶液、加入行衡离子的水溶液环境下的动力学行为，并加入在 真空环境下的计算进行对比，结果发现无论从rmsd、回旋半径、二级结构的轨 ll 迹图还是从表征动力学模拟过程中运动形式的c口协方矩阵分析，HPPK在水溶 液特别是加入抗衡离子的水溶液的环境下的模拟与真实情况更相符。 然后使用柔性分子对接和动力学模拟方法对HPPK与底物HP、ATP的复合 物结构进行了模建，同时考虑活性部位金属镁离子和配位水分子，共四个体系。 将HPPK与HP复合物模拟的平均构象与对接构象、HPPK与底物类似物的复 合物晶体结构对比，发现模拟构象更加合理、稳定。比较四个体系，从能量、 相互作用、模型稳定性等方面分析比较发现，加入金属镁离子和配位水分子的 模型合理，说明镁离子和配位水分子起着重要的作用，这为分子对接和分子动 力学模拟提供了一些信息。对“结构水”和金属离子的研究有一定的参考价值， 同时为HPPK提供了合理的复合物模型，为基于HPPK的药物设计给与有意的 指导。 最后对HPPK及其突变体进行了动力学模拟，从而发现残基Ar982、Ar992 和84．89在HP、ATP与HPPK结合形成复合物过程中的重要作用，这几个残基 在环区loop2和loop3上，结合底物过程中发生开合现象的主要残基，对底物的 包裹起着关键作用，另外对FIPPK催化磷转移的机理进行了定性的探讨，对磷 转移机理的进一步深入研究提供了思路。 第三部分主要使用定量结构一活性，性质关系这一方法对几个体系进行了 初步研究。包括二维和三维。二维的构效关系中主要是提取了有用的静电势参 数用于二取代苯化合物的疏水性研究上，可藉此来预测化合物的疏水性能，而 不用具体考虑极性基团间的相互作用；还有应用分子静电势参数并结合指示变 量，可获得良好的溶剂软度与其分子结构间的定量关系，利用这一关系，可以 对未知溶剂的软度进行预测。 三维的构效关系，主要是使用比较分子场分析(CoMFA)对乙酰胆碱酯酶 抑制剂、Ⅱ1．肾上腺素受体拮抗剂等进行y-维构效关系研究，并在常规CoMFA 基础上进行了平动和转动的全空间搜索，从而获得好的构效关系模型。 关键词：6．羟甲基．7，8一二氢喋呤磷酸化酶(HPPK)，分子对接，分子动力学模 拟，金属镁离子，定量构效关系，比较分子场分析，抑制剂 浙江大学博士学位论文 ABSTR^CT Ill