生命科学前沿进展 基因组学、比较基因组学和宏基因组学.ppt

基因组学、元基因组学和功能基因组学 §1 基因组学概述 基因组（genome），又称染色体组，是某个特定物种细胞内全部DNA分子的总和（细胞内细胞器的DNA属于该细胞器的基因组）。物种全部遗传信息的总和。 物种遗传信息的“总词典” 控制发育的“总程序” 生物进化历史的“总档案” 基因组学（genomics） 以分子生物学技术、计算机技术和信息网络技术为研究手段，以生物体内全部基因为研究对象，在全基因背景下和整体水平上分析生命体（包括人类）全部基因组结构及功能，探索生命活动的内在规律及其内外环境影响机制的科学。 对物种的所有基因进行定位、作图、测序和功能分析 由美国人T·H·Rodehck在1986年提出。基因组学完全改变一次只能研究单个基因的状况，它着眼于研究并解析生物体整个基因组的所有遗传信息。 人类基因组计划HGP(Human Genome Project)是一项规模宏大的科学计划，其旨在测定组成人类染色体（指单倍体）中所包含的30亿个核苷酸序列的碱基组成，从而绘制人类基因组图谱，并且辨识并呈现其上的所有基因及其序列，进而破译人类遗传信息。 人类基因组计划是人类为了解自身的奥秘所迈出的重要一步，是继曼哈顿计划和阿波罗登月计划之后，人类科学史上的又一个伟大工程。 亨利.格雷(H．Gray) 绘制了第一张人体解剖图，解开了许多人体奥秘，为近代医学的发展奠定了基础。 人类基因组计划将最终绘制出人体的第二张解剖图，从基因水平上揭示出人体的奥秘，奠定21世纪医学和生物学飞跃发展的基础。 这张解剖图将包括4张小图，包括了人类基因组计划的全部主要内容，它们分别是遗传图（连锁图）、物理图、序列图和转录图 第一张图是遗传图，又叫连锁图。它是以在某个遗传位点上具有多个等位基因的遗传标记作为路标，以遗传学上的距离即两个遗传位点之间进行交换、重组的百分率cM作为图距，反映基因遗传效应的基因组图。 第三张图是序列图，可以说它是人类基因组在分子水平上最高层次、最为详尽的物理图。测定总长为1米、由30亿对核昔酸组成的基因组全部DNA序列，是基因组计划中最为明确、最为艰巨的定时、定量、定质的硬任务。 人类基因组计划所提供的人类核酸序列图，蕴藏了决定我们生、老、病、死的所有遗传信息，将成为人类认识自我、改造自我－使人类健康长寿的知识源泉，为21世纪现代生物学和医学奠定了基础。 我们知道，生物性状是由结构或功能蛋白决定的，功能蛋白是由信使RNA（mRNA）编码的，mRNA又是由编码蛋白功能基因转录而来的。转录图就是测定这些可表达片段（EST）的标记图。 事实上，整个人类基因组中有97％的部分由不被转录的DNA组成，只有2％－3％的DNA序列具有编码蛋白质的功能。在人体某一特定的组织中仅有10％的基因被表达。也就是说，只有不足1万个不同类型的RNA分子（只有在胎儿的脑组织中，可能有30％－60％）的基因被表达。如果将这些mRNA通过一种反转录的过程构建成cDNA文库，然后再测定这些DNA的序列，最终绘制成一张可表达基因图--转录图。 有了一张总的转录图，我们就可以了解某基因在不同的时间、不同组织的表达情况；可以了解不同组织中不同基因的表达；还可以了解正常条件下与异常状况下基因表达的差异。 国际人类基因组计划 1985年，美国能源部（DOE）率先提出，旨在阐明人类基因组 DNA长达30亿碱基对（ base pair，bp）的序列。发现所有人类基因并阐明其在染色体上的位置，从而在整体上破译人类遗传信息。 1986年美国宣布启动“人类基因组启动计划”； 1988年，DNA双螺旋结构的发现者和诺贝尔生理学或医学奖的获得者詹姆斯·沃森领导着国家卫生研究院中新成立的一个基因组研究中心，加入了这个计划。但由于与上司意见不一，沃森不得不于1992年离开该计划，其位置由弗朗西斯·柯林斯取代。 1990年，NIH和DOE联合提出美国人类基因组计划，正式启动HGP，计划于15年内提供30亿美元的资助，在2005年完成人类基因组全部序列的测定。随后，该计划扩展为国际合作的人类基因组计划，英国、日本、法国、德国和中国先后加入，形成了国际基因组测序联盟。 塞雷拉人类基因组计划 在国际人类基因组计划（以下简称“国际计划”）启动八年后的1998年，美国科学家克莱格·凡特尔创办了一家名为塞雷拉基因组（Celera Genomics）的小私立公司，开展自己的人类基因组计划。与国际人类基因组计划相比，公司希望能以更快的速度和更少的投资（3亿美元，仅为国际计划的十分之一）来完成。 塞雷拉基因组的另起计划被认为对人类基因组计划是一件好事，因为塞雷拉基因组的竞争促使国际人类基因组计划不得不改进其策略，进一步加速其工作进程，使得人类基因组计划得以提前完成。 基因的知识产权之争 塞雷