医学PPT课件大全基于统计方法的蛋白质结构和功能预测.ppt

国内外在该方向的研究现状及分析 蛋白质相互作用位点预测 氨基酸物理化学性质：疏水性，极性 残基的进化保守性：Conservation 序列信息：ET 三维结构特征：ASA，3D-motifs 机器学习方法：SVM，NN，CRF 远程同源性和折叠检测问题 远程同源性和折叠检测问题 远程同源性和折叠检测问题 远程同源性和折叠检测问题 蛋白质相互作用位点预测问题 蛋白质相互作用位点预测问题 蛋白质相互作用位点预测问题 蛋白质相互作用位点预测问题 蛋白质相互作用位点预测问题 蛋白质相互作用位点预测问题 蛋白质相互作用位点预测问题 蛋白质相互作用位点预测问题 蛋白质相互作用位点预测问题 蛋白质相互作用位点预测问题 蛋白质相互作用位点预测问题 学位论文的主要研究内容 基于N进制谱的远程同源性检测 ： 二进制谱方法只是简单的把氨基酸出现的可能性分为能出现与不可能出现。这种简单的划分忽略了许多重要的进化信息。因此我们提出了一种改进的方法即N进制谱。该方法能更加灵活的运用氨基酸频率谱中包含的进化信息并可以把不同种类的氨基酸出现的可能行进行更细的划分。实验结果表明该方法取得了较好的实验效果。 学位论文的主要研究内容 蛋白质结构域边界预测： 结构域指蛋白质中具有独立三级结构并可具有特定的功能的部分，通常由一个基因外显子编码。结构域边界在理论和实际中都有重要的意义。结构域边界预测在结构分析、功能注释、数据库搜索和蛋白质模拟中有着广泛的应用。目前氨基酸的结构域连接区倾向性索引在解决结构域预测问题中取得了很好的效果。但是氨基酸的结构域连接区倾向性索引没有考虑到进化信息，因此这里拟构建一种基于蛋白质序列谱的结构域倾向性。这种倾向性可以包含进化信息在其中。 为完成课题已具备和所需的条件、外协计划及经费 目前发表或已投稿的学术论文情况： （1）Bin Liu, Lei Lin, Xiaolong Wang, Qiwen Dong, Xuan Wang, A discriminative method for protein remote homology detection based on N-nary profiles, IEEE Proceedings of Bioinformatics Research and Development 2008(BIRD08), 2008. (EI) （2）Bin Liu, Xiaolong Wang, Lei Lin, Qiwen Dong, Xuan Wang, A discriminative method for protein remote homology detection and fold recognition combining Top-n-grams and latent semantic analysis, BMC Bioinformatics. (修改稿在审中) 预测例子 主要内容 课题来源及研究的目的和意义 国内外在该方向的研究现状及分析 前期的理论研究与试验论证工作的结果 学位论文的主要研究内容、实施方案及其可行性论证 论文进度安排，预期达到的目标 为完成课题已具备和所需的条件、外协计划及经费 预计研究过程中可能遇到的困难、问题，以及解决的途径 学位论文的主要研究内容 基于Top-n-grams的远程同源性和折叠检测： 生物序列和自然语言有着密切的关系，例如组成蛋白质序列的氨基酸类似于自然语言中的词，蛋白质结构和功能类似自然语言中的语义。如何找到蛋白质序列中的词是采用自然语言技术解决生物信息学问题的关键。蛋白质序列谱中含有大量的进化信息，如何正确使用这些信息提取蛋白质序列的词是解决远程同源性检测的关键问题。考虑到氨基酸频率谱中不同频率氨基酸的重要性，提出了一种新的蛋白质序列组分即Top-n-grams。这种新的序列组分成功克服了二进制谱的缺点并取得了令人满意的实验结果。 学位论文的主要研究内容 蛋白质相互作用位点预测： 蛋白质相互作用位点预测是生物信息学中一个热门的研究问题。目前基于SVM的方法取得了很好的效果。提高基于SVM方法预测效果的关键是找到一种有效的特征来表示相互作用位点的性质。因为氨基酸出现在相互作用位点区域和其他表面区域的频率不同，因此可以利用这种不同计算氨基酸倾向性。虽然许多研究者采用氨基酸倾向性进行蛋白质相互作用位点预测，但是氨基酸倾向性没有考虑进化信息，因为蛋白质序列频率谱中包含进化的信息，所以可以利用这些进化信息计算一种基于序列谱的倾向性来替代氨基酸倾向性。该倾向性可以广泛应用于蛋白质相互作用位点预测中。 主要内容 课题来源及研究的目的和意义 国内外在该方向的研究现状及分析 前期的理论研究与试验论证工作的结果 学位论文的主要研究内容、实施方案及其