基于RNAseq技术玉米CMSC花药可变剪接和新转录本研究开题报告完成版.pptVIP

内容 文献综述 1 背景、目的及意义 2 材料与方法 3 预期结果 4 进度安排 5 1 文献综述 玉米(Ze mays L) 是我国主要的粮、经、饲三元作物，面积和总产均占非常重要的地位，很长时间内供不应求。提高玉米产量任重而道远。 玉米利用杂交优势来制种，如利用不育化育种不仅充分地持续地保持玉米的杂种优势而且还能节约劳动力成本。 1.1 植物雄性不育 植物雄性不育是指植物在有性生殖过程中不能产生正常的花药、花粉或雄配子的遗传现象，而其雌蕊正常可接受外来花粉进行受精结实。 Jones (1924) 洋葱。1944以后， 在玉米、高粱、油菜、水稻、棉花等高等植物中也发现了雄性不育性，经过选育用于杂种一代种子生产。 CMS 生理生化 1. 2 植物CMS败育机理的研究 1.2.1 CMS的生理生化研究 物质代谢 同工酶 植物激素 能量代谢 光合作用 膜脂稳定性 基因表达调控是植物发生雄性不育的重要影响因素。 Twell D等利用cDNA差别显示等分子生物学方法，己鉴定出花粉或花药特异基因。 曹家树等用mRNA差别显示技术。 Erickon等限制性内切酶酶切方法分析pol胞质和cam胞质的mtDNA，杂种后代分析。 袁美等利用Northen对波里马细胞质雄性不育三系线粒体RNA检测，发现3个探针atp6、orf224和orf222。 Leving S对玉米、Kadowaki对水稻的cpDNA酶切后电泳未发现不育系与保持系之间存在多态性。 1.2.2 CMS的分子水平研究 1. 3 高通量测序（RNA-Seq ）技术 Brian T. Wilhelm Ugrappa Nagalakshmi 《nature》 《science》 2008年6月 目前新一代测序技术的代表有Roche/454，Illumina/Solexa ，ABI/ SOLiD等。 Illumina/Solexa高通量测序具有读长短，通量高，覆盖度更高，定量更准确，测序成本低、极高的精确度和极低的检测限。 应用到DNA水平的全基因组测序、基因组重测序、宏基因组研究等；RNA水平的转录组测序和小分子RNA 测序；表观基因组学的转录因子结合位点测序、DNA甲基化测序等诸多领域。 1. 4 可变剪接 可变剪接（Alternative splicing ，AS）是指一个前体mR NA选择不同的剪接方式产生多种mRNA剪接异构体的过程，是基因调节和产生蛋白质多样性一个至关重要的机制。 调控可变剪接的因子主要有反式作用因子、顺式 RNA 调节序列和其它 RNA 特征（如外显子长度和 RNA 二级结构等）。 可变剪接的研究方法主要有EST/cDNA技术法 、基因芯片法以及最近几年随高通量技术兴起的高通量测序法。 1.4.1 可变剪接类型 根据基因组上同一外显子区域(exon region)所发生的不同可变剪接事件，可变剪接可划分为四种基本类型：5’端可变剪接、3’端可变剪接，盒式可变剪接（又称跳跃式可变剪接）以及内含子保留型可变剪接，如图1-1所示。 图1-1 可变剪接事件的类型 在生物体内，主要存在7种可变剪接类型： A）Exon skipping; B）Intron retention; C) Alterna tive 5 splice site; D) Alternative 3 splice site; E) Alternative first exon; F) Alternative last exon; G) Mutually exclusive exon. 图1-2 七种可变剪接示意图 1.4.2 中心法则与可变剪接 图1-3 真核生物mRNA的形成 图 1-4 前体 mRNA 的构成性剪接和可变剪接事件 1.4.3 前体信使 RNA 的剪接过程 图1-5 剪接体的构成及组装过程 1.4.4 可变剪接的调控机制 剪接调节因子：剪接特征区域、反式剪接调控因子、顺式剪接调控元件、mRNA空间结构、无义介导的mRNA降解。 剪接调节信号：剪接调节因子结合RNA 特定序列。 影响剪接体识别剪接位点的序列信号通过与剪接因子等调控蛋白相结合对剪接起调控作用。其中： ESEs ：通常被 SR（Ser-Arg）蛋白家族成员结合。 ISSs 和 ESSs： 被核不均一核糖核蛋白（hnRNPs）结合。 ISEs 不如其他三类元件具有很好的特点。 芯片技术：剪接连接点芯片技术和外显子芯片技术 寡核苷酸探针固定在玻璃片，每组探针都和特定的外显子或剪接位点对应，原理如图1-11 EST就是一组cDNA序列，具有高通量、快速等优点。有利于全基因组可变剪接的研究。原理如图1-10 进行高通量测序原始reads。 比对到目的基因组后发现可变