细胞内生化反应体系的随机模拟计算.pdf

摘 要 研究系统生物学的一个重要途经是对生化反应系统进行建模和仿真．由活 细胞形成的系统中，某些关键反应物的分子数目可能较小，这样，离散性和随 机性就起着很重要的作用．于是，对生化反应系统的随机模拟研究引起了学者 们的浓厚兴趣． 最近提出的概率权重随机模拟算法应用一个有权重的蒙特卡罗方法，可以 有效地处理对反应率常数跨度很大的系统的随机化学反应动力学的模拟．本文 提出了改进的概率权重随机模拟算法．自适应地确定权重因子，使其更有效、 实用．文中以两个生化反应系统为例，分别利用原始的和改进的概率权重随机 模拟算法进行了模拟，结果表明本文提出的改进算法可以明显地减少模拟所需 的计算量且提高了精度． 另外，已有的加速的随机模拟方法基本上都是关注于算法本身的改进，却 没有对输出数据进行有效的分析．仅在最近，Lipshtat提出了作用于整个时间 APS方法是在模拟的整个过程中对输 过程的‘‘所有可能的步进”(APS)方法． 出数据进行分析，而我们需要的常常是分子组分在某个时刻的统计特征．因此 我们提出了“最后所有可能的步进”(FAPS)方法，FAPS方法不仅可以用较少 的模拟次数，得到整个运行过程中任何时刻