递归迭代函数体系模型在细菌基因组分析中的应用.pdfVIP

摘 要 本文的主要内容由两个部分组成，内容的第一部分研究了基因组序列的混沌 游戏表示的递归迭代函数系统模拟，第二部分我们利用基因组的连接蛋白质序列 讨论了细菌的进化相关性问题。 随着我们得到的基因组的逐渐增多，越来越多的研究人员开始从基因组层面 上来研究生物体的各种性质特征。 Jeffrey[8]在 1990 年介绍了DNA 序列的混沌 游戏表示。后来Fisher 等[15]将DNA 序列的混沌游戏表示思想推广到了蛋白质 数据的研究上。Yu 等[20]在2004 年首先从基因组的角度分析了连接的蛋白质序 列的混沌游戏表示。本文中我们将研究基因组的三种序列(全基因组DNA 序列、 全基因组的连接的编码 DNA 序列和全基因组的连接的蛋白质序列) 的混沌游戏 表示。从这些混沌游戏表示中我们可以看到明显的自相似或分形结构。在分形几 何及其应用中，研究的比较广泛的是下面两类问题：第一类是根据给定的数据集 与规则可以得到什么样的分形图形，第二类是其逆问题，即根据给定的数据集和 分形图形确定规则中的未知参数。这里我们考虑的是第二类问题，根据全基因组 序列数据和它们的混沌游戏表示，利用矩方法确定其递归迭代函数系统模拟中的 参数，并用测度的累积行走和相对标