第四节：双序列比对.pptVIP

第四章序列比对 本章内容 双序列比对（ Pairwise Sequence Alignment ） 多序列比对（Multiple Anlignment ） 核酸序列分析 概念1 双序列比对（pairwise alignment）：指通过一定的算法对两个DNA或蛋白质序列进行比较，找出两者之间最大相似性匹配。这种算法是基于序列本身的属性而不是关于该序列第注释信息。目的是推测它们在结构、功能会进化上的联系。（达尔文－－自然选择） 理论基础：进化学说－－如果两个序列之间具有足够的相似性，就推测二者可能有共同的进化祖先，经过序列内残基的替换、残基或序列片段的缺失、以及序列重组等遗传变异过程分别演化而来。 分为2类： 基于序列的局部相似性 基于序列第全局相似性 相似性（similarity）：是指一种很直接的数量关系，可以量化的参数。一般是以百分比来衡量。 同源性（homology）：进化过程中源于同一祖先的分支之间的关系，它是质的判断。粗略的说，如果序列之间的相似性超过30%，它们就很可能是同源的。 基因之间要么同源，要么不同源。而相似性则具有多或少的数量关系。 直系同源物（orthologs）：不同物种中具有相同功能的同源基因或蛋白质。 并系同源物（paralogs）：个体中有一定的关系又不相同的蛋白，由同一个基因经连续复制而形成。复制所得基因经历了各自动进化途径，从而使