2017年第七章-蛋白序列分析方法.pptx

蛋白序列分析方法 主讲教师：赵雨杰;蛋白质分子是由许多氨基酸通过肽键相连形成的生物大分子，每种蛋白质都有其一定的氨基酸百分组成及氨基酸排列顺序，以及肽链空间的特定排布位置。因此由氨基酸排列顺序及空间排布等所构成的蛋白质分子结构，才能真正体现蛋白质的个性和功能。 ;组成蛋白质的氨基酸序列为蛋白质的一级结构，蛋白质的一级结构决定了蛋白质的性质。组成蛋白质氨基酸的物理和化学性质早已被人熟知。构成蛋白质的20种氨基酸由于化学构造不同，在结构和功能上具有多样性，任一残基对蛋白质的物理和生化性质都会产生影响，即序列决定构象。构象决定功能。 ;蛋白空间结构预测方法主要有两类： 一、采用分子力学、分子动力学的方法，根据物理化学的基本原理，从理论上预测蛋白质分子的空间结构。 二、通过对已知空间结构的蛋白质进行分析，找出一级结构与空间结构的关系，总结出规律，用于新的蛋白质空间结构的预测。 ;蛋白质在线分析工具 ExPASy 主讲教师：赵雨杰;ExPASy (Expert Protein Analysis System）;ExPASy网站包括蛋白质组学、 基因组学、 系统发育、 系统生物学、 进化、 群体遗传学、 转录组学等不同领域的数据库和分析软件。;蛋白质特征识别 AACompIdent 主讲教师：赵雨杰;AACompIdent;AACompIdent将查询蛋白与库中已知蛋白进行比较，给出相似蛋白及其所打分数，分数越低，可能性越大。该程序需要输入蛋白质的氨基酸组成、等电点pI和蛋白质分子量、正确的物种分类以及特别的关键词。 ;对数据库中的每一个序列，程序算法会根据序列组成与所查询的组成差异打分。查询结果由电子邮件返回，共有三级列表：1、所列蛋白只考虑物种分类不考虑pI和分子量；2、不考虑物种分类、不考虑pI和分子量的全体蛋白；3、所列蛋白即考虑物种分类，也考虑pI和分子量；零分表明查询序列与提出的序列完全相符。;现把蛋白质RRF-ECOLI（P16174,Ribosome recycling factor）为未知蛋白，用AACompIdent进行蛋白质辩识。将其pI、分子量、物种、氨基酸组成输入，氨基酸的组合方式选constellation 0, 进行查询。电子邮件返回的查询结果。在三组列表中RRF-ECOLI的分值最低，表明所提供的未知蛋白是RRF-ECOLI的可能性最大。 ;以e-mail 返回的RRF-ECOLI查询结果，图中只列出只考虑物种分类不考虑pI和分子量和不考虑物种分类、不考虑pI和分子量的全体蛋白的两部分结果，第三部分省略。 ;蛋白质特征识别 AACompSim 主讲教师：赵雨杰;AACompSim提供类似的分析，但它与AACompIdent以实验室所得的氨基酸组成为依据进行搜索不同，AACompSim使用SWISS-PROT蛋白质的序列为依据（Wilkins et al.,1996），将用户要查询的蛋白与SWISS-PROT数据库中的蛋白质的序列进行比较、辩识。检测蛋白质之间的关系。;与AACompIdent算法类似，该算法也提供了4种氨基酸的组合方式（constellation）供用户选择，查询时用户需要在4种氨基酸组合中挑选其一，输入所要查询蛋白的SWISS-PROT ID，所需比较条目的物种，按SUBMIT键即完成查询。 ;The closest SWISS-PROT entries (in terms of AA composition) for the species ECOLI: Rank Score Protein (pI Mw) Description ========================================================= 1 0 RRF_ECOLI 6.44 20639 Ribosome-recycling factor. 2 33 HFLC_ECOLI 6.30 37650 Modulator of FtsH protease HflC. 3 33 DNAB_ECOLI 4.93 52390 Replicative DNA helicase. 4 37 INTA_ECOLI 9.61 46652 Prophage CP4-57 integrase. ;The closest SWISS-PROT entries (in terms of AA composition) for any species: Rank Score Protein (pI Mw) Description =================