个水稻产量QTL区段及品系特异性重复序列的比较分析.docVIP

1个水稻产量QTL区段及品系特异性重复序列的比较分析 第30卷第3期 2011年6月 华中农业大学 JournalofHuazhongAgriculturalUniversity Vo1.30No.3 June2011,261～265 1个水稻产量QTL区段及品系特异性 重复序列的比较分析 夏鹏林海艳罗美中 华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室,武汉430070 摘要为克隆1个水稻产量QTL,对遗传作图亲本珍汕97和明恢63物理图谱上与该QTL相对应的区段 进行了比较分析,关闭了2个物理图谱在该区段的物理缺口,对该区段珍汕97和明恢63BAC末端序列分别与 日本晴参考序列之间的预测单核苷酸多态性SNP位点进行了检验,发现大部分预测SNP序列正确,而有一部 分预测SNP为amp;C末端测序错误.验证了的SNP将是基因和QTL克隆的重要分子标记.同时对代表性的推 测水稻中花ll基因组特有重复序列进行了验证. 关键词水稻;物理图谱;比较基因组学;BAC末端序列;单核苷酸多态性 中图分类号S5l1.032文献标识码A文章编号1000—2421(2011)03—0261—05 水稻(OryzasativaL.)是我国最广泛种植的粮 食作物,也是一种十分重要的模式植物.亚洲栽培 稻主要有2个亚种:粳稻(OryzasativaL.ssp.n— ponica)与籼稻(OryzasativaL.ssp.indica).利用 比较基因组学方法对稻属不同种,亚种或品种间进 行比较分析是开发水稻潜能的一种新方法,而物理 图谱是进行比较基因组学研究的一种重要工具.自 2002年4月粳稻和籼稻的基因组序列发表在Sci— ence上以来[1≈],水稻序列与图谱的相关研究突飞 猛进.水稻作为一种模式植物,其基因组序列的完 成,为我们了解植物基因组成,功能以及基因组起源 和进化等提供了大量的信息,水稻亚种或品种间的 比较研究更是为水稻进化与起源提供了直接的证 据,Ma等[3]比较了粳稻品种和籼稻品种之间基因 组的差异,揭示了粳稻和籼稻基因组中同源基因区 段的异常重组现象.同时,水稻物理图谱与遗传图 谱的发展也极大地推动了水稻亚种或品种间的比较 分析,从而促进了水稻遗传,进化,基因差异以及性 状差异的研究_4]. 细菌人工染色体(bacterialartificialchromo— some,BAC)文库技术作为基因组学研究不可或缺 的工具已经受到广泛的关注,随着大规模测序技术 与BAC文库构建技术的发展,利用BAC末端序列 发掘的信息量也越来越大.通过对BAC末端序列 的分析,可以对基因组内部的组成与结构作出初步 的了解,并且可以通过与不同物种基因组的比较研 究,揭示基因组序列的共性,探讨物种的起源和 进化. 笔者所在实验室构建了籼稻品种珍汕97,明恢 63和粳稻品种中花11的物理图谱.本研究通过对 珍汕97和明恢63物理图谱分别与日本晴参考序列 的比对,利用日本晴序列设计探针筛选这2个品种 的BAC文库膜,完成了1个产量数量性状位点 (quantitativetraitlocus,QTL)区段珍汕97和明恢 63物理图谱的补缺,并对该区段BAC末端序列与 日本晴序列之间的单核苷酸多态性(singlenucleo— tidepolymorphisms,SNP)位点进行了检验,同时对 代表性的推测中花11基因组特有重复序列进行了 比较分析. 1材料与方法 1.1试验材料 研究中所用到的籼稻明恢63,珍汕97和粳稻 中花l1种子由华中农业大学作物遗传改良国家重 点实验室提供,粳稻日本晴种子由笔者所在实验室 提供,此种子与H本晴基因组测序所用的种子来源 收稿日期:2010—12—15 基金项目:国家自然科学基金项目 夏鹏,硕士研究生.研究方向:植物基因组学.E-mail:xiapengx@gmail.corn 通讯作者:罗美中,博士,教授.研究方向:植物基因组和叶绿体功能.E-mail:mzluo@ 262华中农业大学第30卷 一 致.材料分别种植在大田或培养室,收集幼嫩叶 片于--80℃保存备用. 1-2物理图谱补缺 物理图谱补缺采用了2种方式,对大的缺口采 用杂交筛选BAC克隆的方法,以Et本晴序列为参 考,用PrimerPremier5设计合适的探针扩增引物, 用日本晴基因组DNA为模板扩增探针序列,每个 物理图谱缺口设计3个探针,扩增序列经过纯化后 作为探针对珍汕97和明恢63的BAC文库膜进行 杂交筛选,杂交温度为65℃,然后对筛选出的阳性 克隆进行指纹分析.对小的缺口则直接采用PCR 方法,根据缺口两端的BAC末端序列设计PCR引 物,用相关基因组DNA作为模板进行PCR扩增. 1.3BAC末端序列与日本晴序列之间预测的$NP 位点