科内培训-基因变异的表述方法.pptx

基因变异的表述方法 武汉分子生物学实验室 陈 然 上集回顾 @ DNA的化学结构。 @ 查找序列。 @ 正义链和反义链。 @ 碱基书写顺序。 @ mRNA和前体mRNA。 @ 外显子和内含子。 @ CDS和UTR。 @ 外显子 ≠ Coding DNA。 @ 全基因突变、热点突变和已知突变。 HGVS规范了基因及蛋白的变异表述 /mutnomen/ 表述不统一将造成互相理解障碍 “突变”与“多态性”的不同 Mutation 突变 Change 改变（罕见的） Disease-causing change 致病改变 Polymorphism多态性 Change in >1% in population 人类群体中大于1%的改变 Not disease causing change 不致病的改变 建议使用的词语 Mutation 突变 Polymorphism多态性 负面 正面 建议使用中性词 Variant / Alteration 变异 CNV 拷贝数变异 SNV（Not SNP） 单核苷酸变异 “指南”的定义 ——《测序技术的个体化医学检测应用技术指南（试行）》 国家卫生计生委个体化医学检测技术专家委员会制定 PGM中的Variant VariantCaller的导出结果 写成“SNV” 为好 报告有待规范 写成“变异” 为好 规范的基因名称-1 网址：或搜索引擎搜索关键词“HGNC gene” 规范的基因名称-2 参考序列出处-1 基因的核酸信息包括染色体基因组DNA序列和mRNA序列，核酸信息参考NCBI GenBank核酸序列数据库参考序列（Reference Sequence，RefSeq）。基因组DNA序列GenBank注册号前面用NT、NC或AC加下划线进行标注，其中以“NT_”标注的序列为BAC克隆或鸟枪测序法获得的不完整的基因组测序序列。如10号染色体上的片段NT_030059，同一序列号有不同的版本号时，后面用点加版本号表示，如NT_030059.14。成熟mRNA转录本序列的注册号前用NM加下划线（NM_）进行标注。微小RNA（microRNA，miRNA）的核酸序列信息参考miRBase序列数据库，miRNA前体序列前用“MI”标注，miRNA的成熟体序列前用“MIMAT”标注。 ——《测序技术的个体化医学检测应用技术指南（试行）》 国家卫生计生委个体化医学检测技术专家委员会制定 参考序列出处-2 美国国立生物技术信息中心（NCBI）收录的参考序列编码具有权威性及唯一性。其中前缀“NM_”表示为mRNA序列，“NP_”表示多肽序列，“NG_”表示基因组序列。基因组参考序列应列出完整基因序列，包括5'以及3'非编码区（UTR）。当使用某段编码DNA参考序列描述突变时，应选择合适的转录体，且转录体的起始转录点应当明确，例如选择最常见的转录体，或者是已知的最大转录体，或者具有组织特异性的编辑转录体。当某一参考序列具有多种转录方式时，选择NCBI数据库里注释最全面的版本。 ——《肿瘤个体化检测治疗指南（试行）》 国家卫生计生委个体化医学检测技术专家委员会制定 参考序列出处-HGVS有不同看法 HGVS建议使用LRG（Locus Reference Genomic）序列作为首选参考序列。 如果该基因没有LRG序列，则采用RefSeq作为参考序列。 HGNC的 页面 LRG序列的web页面 点击这些绿色的+号得到有意思的内容 前缀——应指出突变位于哪种序列中 “g.”表示基因组序列，如g.476A>T。 “c.”表示Coding DNA（编码DNA）序列，如c.76A>T。 “m.”表示线粒体DNA序列，如m.8993T>C。 “r.”表示RNA序列，如r.76a>u。 “n.”表示非编码RNA序列。 “p.”表示蛋白质序列，如p.Lys76Asn。 对于DNA变异的表述，“c.”优于“g.”——直观地得知该变异点在外显子上还是内含子上，会不会造成氨基酸编码改变，与表型联系起来。 序列位置编号-1 基因组、线粒体DNA、RNA、非编码RNA、蛋白序列： 以参考序列的第一个碱基或氨基酸确立为1，直接数其在对应参考序列中的位置即可。 如：g.476，m.9222，p.76。 序列位置编号-2 Coding DNA（编码DNA）序列： 将Coding DNA看成连续的（排除内含子间隔），以起始密码子ATG的第一个碱基A确立为