刘焕香兰州大学针对流感病毒耐药性的分子模拟研究课件.pptVIP

厦门 2010-6 针对流感病毒耐药性的分子模拟研究 流感的爆发 流感病毒的复制过程 现有的抗流感药物及流感病毒的耐药性 M2质子通道抑制剂 神经氨酸酶抑制剂 如何应对流感病毒的耐药性? 预测流感病毒的耐药性位点，研究耐药性机理，基于此设计针对耐药性的病毒株的有效药物； 探讨新的高度保守的靶点，发现作用于这种靶点的小分子抑制剂。 我们的研究工作 Section I: In Silico Identification of the Potential Drug Resistance Sites over 2009 Influenza A (H1N1) Virus Neuraminidase, Mol. Pharmaceutics, 2010, 7,894-904. Section II: Molecular Basis of the Interaction for an Essential Subunit PA-PB1 in Influenza Virus RNA Polymerase: Insights from Molecular Dynamics Simulation and Free Energy Calculation, Mol. Pharmaceutics 2010,7, 75-85. A-H1N1神经氨酸酶耐药性位点预测 耐药性检测 临床 体外实验 计算预测 耐药性产生的机制 关键氨基酸残基发生突变，降低与抑制剂的亲合力,而不改变与底物的相互作用。 耐药性位点的识别 A-H1N1 NA的同源模建 A-H1N1 NA的同源模建 A-H1N1 NA与配体复合物的获得 叠合同源模建的结构和包含小分子配体的神经氨酸酶复合物 结果-轨迹平衡的监控 轨迹平衡的监控 结合自由能计算结果 底物与NA相互作用的详细特征 Oseltamivir 与SA相互作用的差别 Zanamivir与SA相互作用的差别 识别的耐药性位点与实验结果对照 Oseltamivir与Zanamivir共同的潜在耐药性位点：Glu119, Asp152 价值和局限性 为针对耐药性的病毒株的药物设计和发现提供有价值的指导信息； 这些信息的提前获得及基于此的药物发现和设计，为避免新病毒株出现时无药可用的状况具有重要的意义。 Ongoing work 结合多轨迹的MD与MM-GBSA研究可能的耐药性位点及耐药性产生的机理。 H275Y（A-H1N1编号） 基于单轨迹方法识别出的可能的耐药性位点。 Section II Molecular Basis of the Interaction for an Essential Subunit PA-PB1 in Influenza Virus RNA Polymerase: Insights from Molecular Dynamics Simulation and Free Energy Calculation, Mol. Pharmaceutics 2010,7, 75-85. RNA聚合酶在病毒复制过程中的作用 聚合酶蛋白杂三聚体的分子生物学和结构生物学研究 PA的PB1结合靶点保守性 PA-PB1 相互作用 研究方法 分子动力学模拟 结合自由能计算(MM-PBSA, MM-GBSA) 虚拟的丙氨酸扫描 轨迹平衡的监控 残基能量的分解-PA 虚拟的丙氨酸扫描结果 PA表面的hotspot残基 基于残基能量分解和丙氨酸扫描识别的Hotspot:Trp706, Phe710,Asn412, Gln408, Phe411, Leu666, Trp619-Gln623, Gln670,Leu667, Met595, Thr639, Leu640 实验上的证实 PB1的binding motif 计算识别的Motif:Val3, Asn4, Pro5, Leu7, Leu8, Phe9 , Leu10 实验上的证实： 结论 Hotspot残基的识别可以为基于PA-PB1相互作用的药物发现和设计提供有用的信息； PB1肽关键残基的识别为以PB1短肽为先导的模拟肽设计提供重要的理论指导。 致谢 Section II 疏水相互作用为主，也有部分氢键相互作用 残基能量的分解-PB1 Section II 疏水相互作用 Section II PA表面关键残基 PB表面关键残基 对于Glycine和Proline不进行丙氨酸扫描 一致的信息 Liu, H.X. and Yao, X. J. Mol. Pharmaceutics, 2010,7, 75–85 Section II Trp706/Gln670 Leu666/Phe710 Trp706/Phe710 619-630 Leu640 Nature, 20