金黄色葡萄球菌蛋白质相互作用网络及功能分析课件.pptVIP

* * 金黄色葡萄球菌 蛋白质相互作用网络及功能分析 Reporter XXX 2009-10-22 摘要 1、金黄色葡萄球菌简介 2、从前研究的不足——基于单基因或者蛋白质 3、此文章方法的创新——从蛋白组角度综合多种方法构建蛋白相互作用网络，并对网络功能进行分析 引言 研究对象介绍： 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin resistant Staphylococcus aureus，MRSA) 目前预测并构建蛋白质相互作用网络的方法： 酵母双杂交、免疫共沉淀以及计算生物学等 以上传统方法获得的蛋白质相互作用的网络： 酿酒酵母、大肠杆菌、幽门螺旋杆菌、钩端螺旋体等 本文将使用的方法： 生物信息学方法，序列发生谱、基因邻近法、操纵子法、基因融合法、以及同源映射法综合使用，并对构建的网络进行分析。 材料及方法 MRSA基因组选取：Staphyloccocus aureus N315菌种 蛋白序列及其相关信息，以及参考物种基因组下载：基因组研究中心(TIGR) 序列发生谱中参考物种进化信息下载：NCBI分类学数据库taxonomy 基因融合方法中结构域信息下载：同源蛋白家族数据库PFAM 同源映射法中蛋白作用数据下载：DIP（相互作用蛋白数据库）,BIND,MINP,INTANT（后三个不常见） 蛋白功能分类信息下载：NCBI的COG（蛋白相邻类的聚簇） 1、实验数据 2、实验方法 序列发生谱：参考DMMarcotte的方法(比对得到序列特征表)，最后用互信息值最为衡量两个蛋白是否相互作用的标准。 操纵子法：基于功能相关蛋白基因在原核生物中通常形成操纵子的原理，通过基因组上基因之间的距离和方向信息，如果两个蛋白在基因组上方向相同，并且它们之间的距离小于100bp，预测在同一个操纵子。 基因融合法：一个物种中的两个蛋白如果功能相关，具有相互作用，在进化过程常常在另外一个物种中融合成一个蛋白质，具体是首先通过将Staphyloccocus aureus N315的蛋白序列与PFAM结构域数据进行blast比对，得到其功能域信息，然后通过Swiss-prot所有蛋白的PFAM功能域信息，得到蛋白相互作用。 基因邻近法：功能相关蛋白，由于相互之间的进化压力，在许多物种的基因组上的相互距离都是保守的。 同源映射法：通过物种之间的直系同源关系，将其他物种已知的经过实验验证的蛋白相互作用信息映射到查询物种中来的方法，具体是首先利用双向最佳匹配法(Bidirectional Best Hit)构建Staphyloccocus aureus N315与大肠杆菌和幽门螺杆菌的直系同源对(ortholog），然后再把原核生物大肠杆菌和幽门螺杆菌中已知的相互作用信息映射过来，得到蛋白相互作用。 综合5种方法得到所有蛋白相互作用信息，通过cytoscape软件和pajek进行可视化，并联合RBGL packages进行网络分析。 先构建与真实网络度相同（相同节点和连接数量）的随机网络，然后比较真实网络与随机网络样本之间的keyword recovery值来验证我们网络的质量。 网络质量验证采用的是keyword recovery法。如果预测的相互作用的两个蛋白之间的关键词注释至少有一个相同，我们就认为相互作用具有很高的可靠性。 3、处理与评价方法 *cytoscape:一开源生物信息软件平台，可对分子相互作用网络及生物学通路进行可视化分析 *pajek:一特别为处理大数据集而设计的网络分析和可视化程序 结果与分析 1、整体蛋白质相互作用网络 圆形节点：已知蛋白 方形节点：未知蛋白 COG功能分类 COG分类字母简写含义为(B: 染色质结构;C: 能量生成与转换;D: 细胞周期控制与分裂;E: 氨基酸转运与代谢;F: 核酸转运与代谢;G: 碳水化合物转运与代谢;H: 辅酶转运与代谢;I: 脂肪转运与代谢;J: 翻译，核糖体结构;K: 转录;L: 复制、重组与修复;M: 细胞壁、膜和包膜合成;N: 细胞运动;O: 翻译后修饰;P: 无机离子转运与代谢;Q: 次级代谢物的生物合成、转运与分解代谢,R:功能未预测；S：功能未知;T: 信号传导;U: 细胞内运输，分泌物与小泡转运;V: 防御机制;-:假设蛋白) 网络质量评估 预测网络keyword recovery值：0.248 随机网络：P0.01 证明网络可信度比较高 2、网络拓扑分析 A为节点的度分布分析 B为节点之间的聚类分析 C为最短路径分析。 关键词：scare-free网络属性，幂次法则，小世界效应 表1 网络中几种关键蛋白的注释（例证了度大的蛋白具有关键的作用，“-”表