Computer Aided Molecular Design Colby College计算机辅助分子的设计寇比学院.pptVIP

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2018-06-18 发布于福建
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Computer Aided Molecular Design Colby College计算机辅助分子的设计寇比学院

Acetylcholine Esterase RCSB Protein Data Bank (PDB) Human disease- molecular biology databases SWISS-PROT OMIM GenBank MEDLINE Acetylcholine Esterase + + Nicotine Hammett Relationships pKa of benzoic acids Effect of electron withdrawing and donating groups based on ?rG = - RT ln Keq pKa Substituted Benzoic Acids log Ka - log KaH = ? K aH is the reference compound- unsubstituted Hammett ? Constants Sigma-rho plots One application of QSPR Activity = r s + constant Y = mx + b s: descriptor r : slope Growth Inhibition for Hamster Ovary Cancer Cells -NO2 -NH3+ Octanol-Water Partition Coefficients P = C(octanol) C(water) log P like ?rG = - RT ln Keq Hydrophobic - hydrophilic character P increases then more hydrophobic QSAR and log P Isonarcotic Activity of Esters, Alcohols, Ketones, and Ethers with Tadpoles QSAR and log P Isonarcotic Activity of Esters, Alcohols, Ketones, and Ethers with Tadpoles Isonarcotic Activity of Esters, Alcohols, Ketones, and Ethers with Tadpoles log(1/C) = 0.869 log P + 1.242 n = 28 r = 0.965 subset of alcohols: log(1/C) = 1.49 log P - 0.10 (log P)2 + 0.50 n = 10 r = 0.995 log P hydrophillic hydrophobic ethanol -.75 pentanol 0.81 isopropanol -0.36 n-propanol -0.23 benzene 2.13 methanol -1.27 tetraethylammonium iodide -2.82 phenylalanine -1.38 alanine -2.85 pyridine 0.64 imidazole -0.08 diethylamine 0.45 butylamine 0.85 Estimating log P M (aq) – M (octanol) ?PG = -RT ln P M (aq) – M (g) ?desolG(aq) M (octanol) – M (g) ?desolG(octanol) ?PG = ?desolG(aq) – ?desolG(octanol) ?PG = Fh2o - Foct log P = – (1/2.303RT) Fh2o - Foct 1/2.303RT = – 0.735 Solvent-Solute Interaction ?desolG(aq) = Fh2o Free Energy of desolvation in water ?desolG(aq) = -RT ln KHenry’s ?desolG(octanol) = Foct Free Energy of desolvation in octanol Descriptors Molar Volume, Vm Surface area Rotatable Bonds, Rotbonds, b_rotN Atomic Polarizability, Apol Ease of distortion of electron clouds sum of Van der Waals A coefficients Molecular Refractivity, MR size and