生物信息学概论的案例32.ppt

五倍子：一个植物与动物间的水平转移案例？! 倍蚜 / 盐肤木/ 提灯藓 / 五倍子 从猜测到验证 污染? 重复/对照 群体? 统计比例 遗传? 种子检测 定位？两端序列 …… 进展：1）转录组；2）共生菌 欢迎访问西藏大学生物多样性与地生物学研究所和复旦大学进化生物学研究中心！ * 基因水平转移 生物信息学预测与实验验证 Tree of Life (生命之树) 网状树 细菌与生命之树 E. coli 基因水平转移（Horizontal gene transfer）？ 备择假设：基因丧失 Duplication event Lineage goes extinct (gene loss) gene loss gene loss C B A 1 2 3 利用系统发育树了解基因重复和丧失 基因树 将基因树叠加在物种树上来鉴定基因重复和丧失 Li et al. 2005. Briefings in Bioinformatics 6(4):394-401. 2001 409:860-921 Nature Hundreds of genes appear to have resulted from horizontal gene transfer from bacteria… 2001 411:1013-1014 Nature 加入盘基网柄菌的Blast及系统发育分析 盘基网柄菌(Dictyostelium discoideum) —— 真核生物中最简洁的基因组之一 大花草属（Rafflesia） 全寄生植物大花草的系统发育位置 基因水平转移：从早期陆地植物到被子植物的基出类群 高等植物间的基因水平转移：从菟丝子到番茄 综述: 植物间的基因水平转移 肉苁蓉? 肉苁蓉与梭梭间的基因水平转移证据 叶绿体基因组结构与 rpoC2 基因水平转移 Genome data of Schistosoma at Shanghai Center for Bioinformation Technology (/) 血吸虫? Phylogenomics of metazoan（300,000 bp) Zhou Y et al, 2009, Nature 黄独脚金（Striga hermonthica）玄参科 Science April 15, 2010 *