中国科学院海洋研究所高性能计算中心用户使用手册v().docVIP

中国科学院海洋研究所高性能计算中心用户使用手册（V1.0） 注意： 1、用户所有计算任务均需通过调度系统来提交，禁止在登录节点运行计算任务，因登录节点是系统共用资源，运行计算任务会导致其他用户无法正常登录系统。 2、用户开通后请立即使用passwd命令修改用户密码。密码修改后可能不会立即生效，请耐心等待1-3分钟，集群nis服务器需要时间同步。 1、从系统管理员处获得账户名(username)和登录密码（password）及登录IP，使用登录工具如文本登录工具putty或文件传输工具SSH Secure File Transfer Client登录到登录节点服务器上（IP：3），为了确保能正常使用调度系统，在自己的用户目录下执行ssh-keygen -t rsa，然后一路回车，最后在~/.ssh目录下会生成id_rsa 、id_rsa.pub两个文件，在~/.ssh目录下执行cp id_rsa.pub authorized_keys，这样节点间的ssh无密码登录就配好了； 2、新建的用户家目录是具有被其他用户读的权限，为了防止其他用户看到自己的目录，可进入/public/home目录执行chmod 700 $(whoami)将自己的目录权限改成仅自己可操作来限制其他用户访问自己的目录； 3、新建的用户一般没有自己的mpi并行环境，而仅有编译器环境如gnu、pgi、intel编译器环境可用gcc,gfortran,pgcc,pgf90,icc,ifort等各编译器对应的c和Fortran编译命令，如果需要使用并行环境，用户需要在自己的~/.bashrc中添加类似 source /public/scripts/ompi133-pgi714.sh 或者source /public/scripts/ompi133-intel101.sh 或者source /public/scripts/mvapich214-intel101.sh 这里是分别采用了openmpi1.3.3+pgi7.1.4和openmpi1.3.3+intel10.1以及mvapich2.1.4+intel10.1的并行编译环境，用户可以三个都加到自己的~/.bashrc内容中，但一次只保证一个有效，其余需要在行首加#符号注释掉，如： #source /public/scripts/mvapich214-intel101.sh #source /public/scripts/ompi133-pgi714.sh source /public/scripts/ompi133-intel101.sh 这里只有最后一个环境生效 4、使用已经编译好的应用软件。用户将在/public中相应的目录（bio_app或sea_app）中已经编译好的软件拷贝到自己的用户目录下，这样就可以利用platform的lsf调度软件来调度自己的作业开始计算 /public/ 目录下的子目录 bio_app 生物学公共软件 home 用户的家目录 lsf 作业调度系统的目录 scripts 有关改变环境变量的脚本 sea_app 物理海洋模式 soft 通用软件intel、pgi编译器 src 公共软件的源程序 test 测试用文件夹 5、使用作业调度系统提交计算任务 命令行方式使用LSF (1) 设置环境变量 tcsh/csh: source /public/lsf/conf/cshrc.lsf sh: . /public/lsf/conf/profile.lsf (2) 提交作业 %bsub -o %J.out “myjob”(其中 myjob为作业命令) %vi myjob (编辑myjob作业内容) #!/bin/sh df -k sleep 20 (3) 监控作业 %bjobs %bpeek 1234 (其中 1234为作业ID) (4) 管理作业 %bkill 1234 (其中 1234为作业ID,终止作业) %bstop 1234 (其中 1234为作业ID，暂停作业) %bresume 1234 (其中 1234为作业ID，唤醒作业) (5) 检查系统 %lshosts （查看机器配置） %lsload （查看机器负载） %bqueues （查看队列状态） %bhosts （查看机器作业状态） (6) 历史作业 %bhist (参数与bjobs类似) (7) 提交批作业 % bsub -o %J.