蛋白质化学3二级结构.pptxVIP

蛋白质的空间结构;蛋白质作为生命体的主要组成成分和生命活动的主要执行者，成为生命科学的研究热点，而结构则是蛋白质研究领域中的一个重要环节。以蛋白质为主体的生物大分子的功能主要取决于它们的三维结构、运动及相互作用。只有全面了解相关蛋白质及其复合物、组装体的精细三维结构、运动和相互作用网络，及其在亚细胞、细胞层次上表现出来的生命活动的功能关系，才能最终阐释人类个体发育、生长、衰老和凋亡机理，才能在分子和原子水平上理解神经活动、认知等脑功能表现机理，细胞增殖、分化和凋亡机理，信息传递和作用机理，疾病发生、发展机理等一切生命科学问题。;20世纪50 年代，Anfinsen 提出蛋白质的特定三维结构是由氨基酸排列顺序决定的, 并因此获诺贝尔奖。Max Perutz 在1959 年解开第一个蛋白质三维结构，即血（肌）红蛋白的三维结构时用了整整22 年时间。今天，以核糖体为代表的复杂的蛋白质机器都陆续得到了解析。自20 世纪90 年代以来，已解蛋白结构的数量呈指数增长趋势，现在大约有42 000 个蛋白质的结构已经被解析，并被存入蛋白质结构数据库(Protein Data Bank，PDB)。从当前的发展趋势来看，蛋白质结构研究必将成为整个生命科学领域的前沿和带头学科，仅在蛋白质晶体学领域中就有11名科学家获得过诺贝尔奖，足见其重要性。;蛋白质一级结构是空间结构的基础 一级结构决定二级结构;蛋白质具有唯一的三维结构;天然蛋白质（Native Proteins）;蛋白质的构象由弱的作用力维持;作用力 破坏因子 氢键： α-螺旋，β-折叠 尿素，盐酸胍 （guanidine hydrochloride ） 疏水作用： 形成球蛋白的核心 去垢剂，有机溶剂 Van der Waals力：稳定紧密堆积的基团和原子 离子键：稳定α-螺旋，三、四级结构 酸、碱 二硫键：稳定三、四级结构 还原剂 配位键：与金属离子的结合 螯合剂 EDTA;; 蛋白质的稳定性不是简单的所有的多种弱作用力构象的自由能的总和。在折叠的多肽链中每一个氢键结合的基团在折叠前与水发生氢键作用，对于一个蛋白质中形成的每一个氢键，相同基团与水之间的氢键（相同的强度）被打破。一个特定的弱作用力对稳定性的净贡献，或者折叠状态和非折叠状态自由能的差异可能趋向于零，这可以解释为什么蛋白质可以形成天然构象。; 生理条件下，蛋白质分子氢键和离子键的形成主要是由相同熵效应所驱动的。极性基团与水形成氢键，溶解于水。然而对于每个单位质量(unit mass)氢键的数量，纯水的要比其他液体或溶液的要大。所以即使是最强极性的分子，它的溶解性也是有限度的，因为它们的存在导致了每个单位质量氢键的净减少。 因此极性分子的周围会形成一个结构化了的水的水化层(solvation shell)。尽管在一个大分子内两个极性基团形成的分子间的氢键或离子键作用的自由能主要被消除相同基团与水之间的这种相互作用所抵消，但在分子间相互作用形成时，结构化了的水的释放提供了一个折叠所需要的熵的驱动力。;极性化合物在水中的溶解是熵增加的过程;水分子在非极性化合物周围形成笼型结构，有序性增加，熵减少。热力学不利！;疏水作用;疏水作用对维持蛋白质的构象重要;在疏水相互作用下，蛋白质疏水氨基酸折叠在蛋白质内部，而亲水氨基酸残基暴露在外。;范德华力;离子键;蛋白质高级结构的原则;蛋白质结构研究的方法;X射线衍射法(X-ray diffraction，XRD);核磁共振波谱学(nuclear magnetic resonance, NMR); NMR 技术在蛋白质- 蛋白质、蛋白质-DNA 等分子间的相互作用方面，具有高分辨率的特点，仅次于X- 射线晶体学技术，可以在溶液中操作，在近似蛋白质生理环境下测定其结构，甚至可以对活细胞中的蛋白质进行分析，获得“活”的蛋白质结构。NMR 技术在分析蛋白质折叠稳定性、运动性和蛋白质复合体中各亚基的相互作用方面具有优势。 NMR缺点是只能测定小蛋白和中等大小的蛋白质分子(MW 30 000 以下)，并且图谱分析工作极为费时，往往需要数月到一年的时间，导致实验周期延长，速度缓慢；另外核磁共振衍射技术的反应是在溶液中进行的，研究对象必须是可溶的蛋白，对不溶蛋白的研究就比较困难；而且样品需要啊等，这些在一定程度上制约了NMR 技术的应用。;三维电镜重构(3-dimension electron microscopy reconstitution); 优势在于：(1)可以直接获得分子的形貌信息，即使在较低分辨率