application_of_bioinformatics_on_cancer_research_文_档.ppt

其他引进并安装调试好的软件包 EMBOSS (包含几十种不同功能的软件，相当于基于Linux系统的免费GCG软件包，且适合高通量分析 ) JaMBW (Java based Molecular Biologist‘s Workbench)：分子生物综合工作台软件，全名为。是由 European Molecular Biology Laboratory of Heidelberg以Java语言为工具开发的综合软件，具有多种基本的序列处理分析功能，界面友好，操作简便 。 SMS (The Sequence Manipulation Suite)：是一组DNA、蛋白序列分析和格式化的软件包，以网页形式发布。 它们的分析结果是一系列HTML命令，您可以打印或保存结果，也可以用HTML语言对其进行编辑。 PredictProtein：Protein sequence analysis, and structure prediction. GeneScan: 著名的分析genomic DNA中的基因序列的软件。 RepeatMasker: 重复序列屏蔽 其他引进并安装调试好的软件包(续) Cross_match/Consed/phred/Phrap/phd2fasta: 直接读取测序图，并去除测序结果中的载体部分，进行Contig 组装的软件包。 Primer 3: 基于web的PCR引物设计软件。 sim4: EST的染色体定位软件。 HMMER: 运用隐藏马尔可夫链模型(HMM)建立多序列比对模型，并以此到数据库中寻找另外的家族序列。 ClusterW/X: 多序列比对工具软件。 Artemis: DNA序列查看及注释工具软件。 BioPerl: 生物学分析用的公共Perl模块。 其他引进并安装调试好的软件包(续) 肿瘤生物信息学平台简介 数据库平台 自主开发的综合分析体系 自主开发的其他独立功能软件 其他引进并安装调试好的软件包 平台的产生及发展 2000年列入所院发展规划 2001年4月购置服务器 HP-LH3000 2001年9月初步建立平台及肿瘤生物信息学专业网站（目前首页累计总访问量已达 24万次），并提供服务。 2002开始逐步建立各种数据库及分析体系 肿瘤生物信息学平台的产生与发展 肿瘤生物信息学网站: 张新宇 中心实验室 生物信息学 联系地址： 科研楼520房间 联系电话：8665 Email: xyzh@263. 网址： 欢迎索取”肿瘤生物信息学平台功能简介.doc“文档， 请打电话8665或者发email。 Thanks ! * 生物信息学并不存在标准定义，对此有各种理解。我接觉得比较合适的一种定义是…… * 现在发表在高水平杂志上的许多肿瘤研究相关文章都有生物信息学技术的支撑，为什么肿瘤研究需要生物信息学的参与？ * 国际象棋和肿瘤有一个共同的特点，就是复杂性。。。解决复杂问题时，人的智力和电脑的运算速度的结合具有极大的优越性和潜力。这或许就是深蓝能够最终战胜卡的一个原因。 * HGP目的：测出人类和一些模式生物的基因组全序列，并制作其物理图谱，找出全部基因，与此同时，发展出一系列实现该目标所需的技术。HGP开始阶段，进展非常缓慢，主要是因为DNA基因组序列全长测序技术难度大，成本高。 1990………1991 EST代表了一个基因的部分转录片断 * 消除CV3，CV5标记不平衡带来的荧光强度的差异，及芯片各个block之间，每个block内部各点之间背景的不均一带给各值的差异。 * correlation * 实用性 Expression level of genes in SSH libraries Different Colors correspond to different libraries Is there a LOH? Expressed in two down-regulated libraries LOH map vs. SSH map Lung Cancer Related LOH Lung Cancer Related SSH 基因芯片数据分析平台 a) 对raw data进行标准化处理，并确定thredshold值(低于该值表示基因不表达，没有杂交信号) b) 结合R/S++，SAS通过生物统计学手段筛选具有显著性差异表达的基因 c) 进一步的芯片分析手段不一而足，可结合具体分析目标进行具体分析。已经做过的分析有：建立从array到全基因组转录图谱，基因表达图谱；聚类分析(hierarchical, SOM and K-means clustering); 结合Gene Ontology, Biocarta, KEGG数据库进行