多重序列比对基因芯片数据分析.pdfVIP

摘要 随着人类基因组(测序)计划(Humangenomeproject)的实现以及分子生物 学相关学科的迅猛发展，越来越多的动植物、微生物基因组序列得以测定，基因序列 数据正在以前所未有的速度迅速增长．与此同时综合了分子生物学，半导体微电子， 激光，化学染料等领域的最新科学技术的基因芯片，也在以其无可比拟的信息量、高 通量、快速、准确地分析基因的能力，也在基因功能研究、临床诊断及新药开发等方 面显示了巨大的潜能．而生物信息学分析是大规模基因信息(序列信息，表达信息) 分析的主要方法．本文主要结果由两部分组成； 第一部分是针对基因序列的快速多重比对算法及应用． 论文的第一和第二章针对基因序列的多重序列的比对问题，根据序列突变与比 对的”模代数”结构理论[1]，并在序列两两比对的基础上，应用系统聚类等方法， 给出了同源多重序列的超级快速比对算法(简称sMA)该算法可适用于大规模( K 如m500，n10bp)的同源多重序列的比对计算，sMA的程序和测试数据 K 我们已在网上公布，并提供比对计算服务．我们分别对83×30bp的SARs序列