计算表观遗传学的兴起与发展-生物信息学与表观遗传学的整合 - 2013年哈尔滨医科大学课件.ppt

1. DNA的甲基化的预测 实验方法识别CpG岛 原理：基于CpG二核苷酸甲基化的缺失，利用Chip-seq试验测得低甲基化的区域。 基于互信息研究CpG岛和CpG聚类中相邻CpG的相互作用的程度的分布 研究的CpG岛和CpG聚类中相邻的CpG的累积互信息定量的区分CpG岛和CpG聚类 CpG_MI 具有最高的预测精度 组蛋白修饰和CpG岛的关系 识别哺乳动物CpG 岛 Results- iPS与ES Results-数据证实 我们通过两种方法证实这些数据。 第一：我们通过重亚硫酸盐测定9个DMRs，每个DMR测定2-6个CpG位点，来验证通过CHARM测得的甲基化结果；结果证实了由CHARM得到的差异甲基化数据(图)。 第二：我们通过芯片来进行全局的基因表达分析。结果发现:在TSS500bp范围内的R-DMRs的差异甲基化与其相应基因的差异表达之间有很强的负相关：超高甲基化和超低甲基化的区域的p均0.001.这种关系对TSS1kb范围内的R-DMRs仍存在，对超高甲基化和超低甲基化DMRs的p值分别为0.01和0.001（图）. 同时，这种关系在处于CpG岛边缘的DMRs中得到增强。 Results-R-DMRs区分成体组织与癌症组织 进一步，我们通过R-DMRs做了一个非监督聚类分析，来研究这些区域中的甲基化在多大程度上区分正常的脑、肝和脾（图）。 值得注意的是：这三种组织被完