单核酸多态性.pptVIP

首届中国生物信息学大会简介 生物信息学 SNP 新基因的筛选 （In silico） 一些有益的网站 部分报告题目 以信息系统的观点了解基因组 基于Z曲线的微生物全基因组的基因识别 基于全基因组的系统发育分析 150天人胚胎海马cDNA数据库的建立与分析 计算机克隆寻找心脏特异表达基因 外显子序列与内含子序列的特征识别 运用相关理论识别Promoter序列 生物信息学的未来 数学、理论物理学、生物学、医学控制论、遗传学的综合 什么是SNPs？ SNPs（明确的片段）是单核苷多态性。在人基因组的30亿个碱基中，每1000个碱基就会出现的遗传密码中单个碱基的变异 了解这些分布的很近的DNA标志的位置，既可以方便基因组的测序，又容易发现与人类的主要疾病相关的基因，例如哮喘、糖尿病、心脏病、精神分裂症和癌症。而对人类基因组的测序将极大地改变我们对疾病的理解、预测、预防、诊断和治疗。在分析“正常”健康细胞的遗传信息的同时，也开始在人类基因组的关键位点来定义数以百万的DNA序列变异（或多态性）。 □ SNPs 单核苷多态性（Single-Nucleotide Polymorphism) SNPs是遗传变异的关键指标 因为SNPs是DNA多态性最常见的形式，他们很可能对药物反应和疾病易感性有所作用。根据全美医学联合会已出版的研究报道，药物副作用（ADRs）是美国住院及死亡的主要原因，导致了每年超过1.5百万的住院病例和10万例死亡。结果，生物技术和制药公司都关注SNPs发现的研究。例如，在1999年，一些主要的制药公司组成了SNP联盟有限公司，联盟的主要目标是发现新的SNPs并使之能被公开利用、研究，应用SNP分析的力量来开创一个更安全、更有效的药物治疗的时代。 对SNPs的越来越多的关注更突出了SNP发现和SNP评价之间显著的不同。SNP发现是指到一个基因中特定位点的识别，这个基因在一个总体中存在单核苷酸的变异。与之不同的是，SNP评价是指在一个特定的个体中的遗传序列中一个特定的SNP的存在与否的测定。SNP评价侧重于确定一个给定的SNP是否与重要的医学属性相关，将它们结合起来。 SNP的发现与SNP评价 在不远的将来，多态性评价技术会对基于SNP的遗传学研究有着重大的影响。从长远来看，如果在成千上万个个体的几千个位点中展开联合研究，那么就需要新的检测和评价技术。 将来的扫描技术对许多样品和DNA片段进行检测是，需要其具有高效、易于应用和价格低廉的特点。 Orchid是一家从事药物研究和开发的产业化的综合公司。Orchid公司的独特的侧重点是药物基因组学。Orchid正在积极创建临床网络，通过微流控技术、微量化学、平行分析和大量的基因型分析来评价支撑药物发展的SNPs和其他技术的发展。 SNPs技术 有两种不同而又互补的方法可进行全基因组关联分析。 一种是直接检测候选基因编码区中所有常见的功能性变异；另一种是使用分布在编码区和非编码区的高密度SNPS标记，来分析易感人群和对照人群，根据连锁不平衡分析特定的SNPs与表型的关联。无论是致病变异还是群体进化的研究，建立高密度SNPs遗传图是必需的。 SNPs的作图 SNP作图的一般步骤包括： ① 获取DNA序列； ② 从DNA序列确定序列标签位点（sequence tagged sites， STSs）； ③ 扫描STSs或ESTs确定候选SNPs； ④ 确定SNPs； ⑤ 将SNPs定位于染色体特定位置。 在有了遗传图谱、物理图谱和放射杂交图谱后，出现了SNP图谱，David等人首先进行了大规模的SNP扫描，随机的检测了一组广泛分布于人染色体的序列标签位点（sequence-taggd sites, STSs），共发现SNPs位点3027个。与放射杂交图谱相比，SNPs图谱的遗传标记的密度远远大于前者。SNPs图谱与芯片技术的紧密结合会给人类基因的研究带来更大的突破。 dbSNP是独立的数据库，不是GenBank的一部分。尽管大多数dbSNP的数据不属于GenBank，dbSNP的数据与其他NCBI基因组的数据是一个整体，并最终影响GenBank的记录。预计dbSNP记录的序列可能包含在一个和更多的GenBank记录的序列中，GenBank记录的序列通常包含更长的序列，而且很少有等位基因标志。结合后的最终结果将会把dbSNP记录和GenBank记录联系起来，包括可以推论或说明来自同一位点的重叠序列。 dbSNP和GenBank的关系 人类基因组计划和SNP协会宣布进行合作，来识别疾病新的遗传标志和促进人类基因组工作草图