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整理by 08 海洋生物资源与环境 邓夏青 欢迎分享和补充~中山大学生物化学课堂笔记——李国富 郑利民版Contents for this semester:§1 生物化学绪论和基础 (郑利民)§2 氨基酸 (李国富)§3 蛋白质的结构(李国富)§4 蛋白质的功能(李国富)§5 蛋白质研究的基本方法(李国富)§6 酶(李国富)§7 糖(李国富)§8 核苷酸与核酸(李国富) §9 脂(李国富)§10 生物膜与物质转运(李国富)§11 生物信号(郑利民)§12 生物体对环境应答的生化基础(郑利民)第二节 Amino acids§2.1 Preknowledge一 同分异构 Isomerism1构造异构 Constitutional ～①碳架异构/Carbon chain ～ ②位置异构/Position ～ ③ 官能团异构/Functional group ～④互变异构/Tautomerism （两种异构体可在溶液中自然发生可逆的相互变化） ⑤价键异构/Valence ～（指键的杂化类型：SP/SP2/SP3 ）2立体异构 Stereoisomerism①构象异构 Conformation ～ a.交叉式构象 b.重叠式构象②构型异构 a. 顺反异构/Cis-trans ～ ▲▲b.旋光异构/Optical ～构型V S 构象构型：分子中由于各原子或基团间特有的固定的空间排列方式(骨架组合)； 一种构型转变另一种构型则要求共价键的断裂、原子(基团)间的重排和新共价键的重新形成。构象：广义的构象是指分子中原子或基团在三维空间的取向和定位；狭义的构象是指具有相同构造和构型分子中，由于某个原子(基团)绕单键自由旋转而形成的不同的易变的空间结构形式（有无数种）；在各种构象形式中，势能最低、最稳定的构象是优势构象。▲二 旋光性和手性1光的介绍光是横波（电磁波），电场和磁场振动的方向与光前进的方向垂直(见下图)自然光：其在振动和波面内各方向具有相同的概率，这种振动方向概率相等的波称~ ~。 ② 平面偏振光： 不再具有振动方向各向概率相等的特性。 ③旋光活性：指可以使平面偏振光发生偏转的特性。2手性（chirality）①它们互为镜象，和左右手之间的关系一样，外形相似，但不能重合,此为手性。这两个物体称对映异构体（旋光异构体）。②C、N、C、Si等原子都可以成为手性中心。③只有在同一平面内进行旋转可重合才算为手性分子，在空间翻转不算。3手性的判定法则存在下列情况之一，不是手性分子有对称中心有对称面有旋转反轴（a.旋转轴：沿此种轴物体旋转n°【360一重 180 二重 120三重 90 四重 60 五重】后分子复原 b.旋转反轴：先旋转n°后，通过一个镜面的映射物体复原）同时存在下列情况，肯定是手性分子 没有对称中心没有对称面没有四重反轴即分子存在下列结构之一：▲手性中心/Chiral center采用SP3杂化，为有四条轨道的正四面体，而且每个轨道所对应四个不同的原子或基团▲手性轴/Chiral axis（了解）由于双键、分子过大等因素的存在使其不能自由旋转▲手性面/Chiral plane（了解）4 旋光性的标记 D(羟基在右) L（羟基在左） 氧化程度最高的基团放在上面，和cho对应19世纪末，费歇尔建议用甘油醛为标准来确定对映体的构型.（见上图）即采用D-L系统， 而且所有的构型都是相对构型（相对于甘油醇来说）,与旋光性没有关系§2.2 Structural Features General formula （由于生理pH为7，所以此形式为氨基酸在生理条件下的主要存在形式） ①结构式中水平键指向直面外，竖直键指向纸面内。②Each has a different side chain R ( R=“Remainder of the molecule”)，which vary in size，structure and electric charge（电荷）and influence AAs 在水里的溶解性。③????：官能团所连的第一个碳为α-碳，以羧基为主官能团，氨基在α-碳上，所以称α-氨基酸；实质就是-COOH和-NH2连接在案同一碳原子上的氨基酸。组成蛋白质的氨基酸均为α氨基