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从人类基因组变异的地图 人口大规模测序 千人基因组计划联合体* 千人基因组计划的目的是提供了深刻的表征人类基因组序列变异为基础 调查，基因型和表型之间的关系。在这里，我们提出了试点阶段的结果 项目，旨在开发和高通量全基因组测序，比较不同的策略 平台。我们进行了三个项目：低覆盖度全基因组测序的179个人从四个 人群;高覆盖测序两个母亲父子三人和外显子目标的697测序 个人从七个人口。我们描述的位置，等位基因频率和当地的单体型结构 约15万单核苷酸多态性， 100万短的插入和删除，以及20,000 结构的变体，其中大部分是以前未描述。我们表明，因为我们已经编目茫茫 大多数常见的变化，发现任何个体的当前访问的变体中，有95％以上的是存在于该 数据集。平均而言，每个人都被发现携带亏损约250至300的功能变种注明 牵连的遗传紊乱的基因和50到100的变种。我们演示了如何使用这些结果可以 通知协会和功能研究。我们从两个三人小组，直接估计的速率OFDE novogermline基地 替换突变约10 28 每碱基对每一代。我们探索方面的数据 自然选择的签名，并确定附近的基因的遗传变异显着减少， 由于选择链接的网站。这些方法和公共数据将支持下一阶段的人类遗传研究。 了解基因型和表型之间的关系是 在生物学和医学的中心目标之一。参照人类 基因组序列 1 人类研究提供了基础 遗传学，但人类基因变异的系统调查需要满 DNA序列变异在整个频谱中的知识 等位基因频率和类型的DNA之间的差异。取得实质性进展 已经作出。到2008年公开目录变异位点 （ dbSNP数据库129 ）包含约11万单核苷酸 多态性（SNPs）和3万短吨插入和删除 （插入缺失） 2-4 。数据库的结构变异（例如， dbVAR ） 索引的大型基因组变异的位置。国际 HapMap计划的两个等位基因频率及相关编目 附近的变种之间，这种现象称为联动模式 不平衡（LD ） ，横跨几个人口为350万个SNPs 3,4 。 这些资源带动疾病基因的发现，在第一 新一代的全基因组关联研究（ GWAS ） ，其中 在几十万的变异位点的基因型，并结合 LD的知识结构，让绝大多数的普通 变种（这里，那些with.5 ％的次要等位基因频率（ MAF ） ） 测试协会 4 与疾病有关。在过去的5年中协会 研究已经确定了一千多与疾病易感性和其他常见性状相关的基因组区域 5 。常见和罕见的结构变异的全基因组的集合 同样进行了测试，与疾病相关 6 。 尽管取得了这些成就，很多工作仍然需要实现深 了解人类表型的遗传贡献 7 。 一旦一个地区已确定为窝藏的风险轨迹，详细 研究所有“遗传变异的轨迹是需要发现的因果 变种（次） ，量化疾病易感性的贡献， 阐明其角色功能的途径。低频和稀有 变体（这里被定义为0.5 ％至5％的MAF ，低于0.5 ％的MAF ， 分别） ，大大超过了常见的变种，也有助于 显著的遗传结构ofdisease的，但它尚未被 系统研究 7-9 。同时，先进的DNA 测序技术，使个体的测序 基因组 10-13 ，照亮的差距，在数据库的第一代 主要包含常见的变异位点。一个更完整 人类DNA变异的目录是充分了解的前提条件 常见和低频变体在人的表型的作用 的变化。 千人基因组计划的目的是要发现，基因型和 提供准确的所有形式的人类DNA单倍型资料 在多个人群中的多态性。具体而言，目标 是表征的变种，基因组区域的95％以上 目前高通量测序技术， 等位基因频率的1％或更高（的经典定义的 多态性）每5个主要的人口群体（群体 或祖先来自欧洲，东亚，南亚，西非 和美洲）。由于功能的等位基因，经常发现在编码 地区和等位基因频率已经减少，低频率等位基因 （下来，对0.1 ％ ）也将被编目等地区。 在这里，我们报告的结果，该项目的试点阶段，其目的 这是发展和比较不同的策略全基因组 测序高通量平台。为此，我们承诺 三个项目： 179人的低覆盖度测序;深 两个三人小组6个人测序和外显子测序 8,140个外显子697人（见专栏1） 。结果给我们一个多 更深，更均匀的画面比人类基因变异 以前，提供了新的见解到景观功能变异，遗传协会在人类和自然选择。 数据生成，对齐方式和变异的发现 共4.9兆盐基的DNA序列中产生的9个 从DNA测序中心用三个测序技术， *列出的参与者和他们的隶属关系将出现在底纸。 2010年10月28日| VOL 467 |自然| 1061 麦克米伦出版者有限公司。保留所有权利?2010 永生化淋巴母细胞系（表1，得到 补充表1） 。所有测序的个人提供的通知 同意，并明确同意向公众传播他们的变化 数据，作为人类基因组单体型图计划的一部分（见补充信息 有关详细信息，知情同意和数据发布）。的异质性 （读取长度从25到几百个