南师大数科院重点实验室集群使用手册.docVIP

PAGE 第 PAGE 10页 共 NUMPAGES 13页南师大数科院省重点实验室集群使用手册（V1.0）1. 集群的各项配置信息1.1 硬件配置集群共有108个计算节点，4台登陆管理节点，2台I/O节点，1台胖节点，1台GPU节点组成。根据具体情况，会开启部分或全部节点供计算使用。108个计算节点配置如下：CPU: 2* Intel Xeon 6C X5650 2.66Memory: 12* 4GB DDR3 LP RDIMMHard Disk: 1* 2.5in SFF Slim-HS 10K 6Gbps 300GB SAS 10K胖节点配置如下：a）CPU: 4* Intel Xeon 8C E7-4820 2.0b）Memory: 64*8GB DDR3 LP RDIMMc）Hard Disk: 4* 2.5in SFF Slim-HS 10K 6Gbps 300GB SAS 10K1.2 软件配置集群域名：集群登录IP：33操作系统：Red Hat Enterprise Linux 5.7编译器：Intel C++ Linux 2011.7.256 ，Intel Fortran Linux 2011.7.256数学库：Intel Math Kernel Library 11.0MPI实现：MVAPI2集群管理软件：君富EasyCluster高性能计算集群管理软件V1.6已安装的科学软件：vasp 4.62. 使用指南2.1 如何登录集群？两种方法可以访问集群：(1) 使用ssh client，如ssh secure shell client，启动后连接集群即可，如下图所示：(2) 使用EasyCluster，打开IE浏览器，输入URL： HYPERLINK /easycluster 33/easycluster，出现如下界面：注：首次使用EasyCluster，请按照上述界面提示，下载插件并安装，否则将无法正常浏览EasyCluster。单机界面中黄颜色的“此处”超级链接，即可下载插件（使用IE的windows用户和使用firefox的Linux用户，请根据界面提示下载对应的插件包），下载完成后双击即可开始安装。EasyCluster的帐户系统和服务器（指安装EasyCluster服务器端程序的服务器）操作系统的帐户是一致的。换句话说，用户只需要使用一套用户名和口令就可以登录EasyCluster和服务器的Linux/UNIX操作系统。插件安装完成后，输入帐号和密码，进入EasyCluster系统主界面，如下图所示：版本号退出系统子功能导航主功能导航版本号退出系统子功能导航主功能导航1、退出系统链接。通过单击该超链接，EasyCluster将清除用户的登录信息，回到登录界面，从而安全的退出EasyCluster系统。在此，我们强烈推荐用户每次退出系统都通过这种方式进行，而不是直接将浏览器关闭。2、主功能导航。此处是EasyCluster全部功能的清单，从图上可以看出，EasyCluster的功能模块主要有提交任务、任务管理、消息管理、待办事宜、记帐信息、控制面板。2.2 如何退出登录？使用方法1，即ssh client登录集群的用户，请输入命令“exit”退出登录。然后关闭ssh client软件即可。使用方法2，即EasyCluster的用户，请单击主界面中的“退出”超链接退出登录，然后关闭浏览器即可。2.3 如何上传/下载文件？使用ssh client登录上集群之后，使用sftp功能即可上传下载文件。sftp是基于SSH的FTP实现，传输安全稳定。以上述ssh secure shell client软件为例，登录进入集群之后，单击下图1中所示的工具栏按钮，即可打开SFTP的界面（如下图2）：单击这个按钮即可打开SFTP单击这个按钮即可打开SFTP在SFTP的界面中，左侧是本地硬盘的文件浏览界面，右侧是远程服务器上的文件浏览界面，使用“拖拽”的方法即可完成文件的上传和下载。即将文件或文件夹从左侧拖拽到右侧，即可完成文件的上传；将文件从右侧拖拽到左侧，即可完成文件的下载。2.4 如何提交一个普通计算任务？使用EasyCluster提交计算任务。EasyCluster带有一个任务调度系统，在EasyCluster中提交的任务，将根据任务的要求和相应的配置情况，被放入任务排队队列。同时，EasyCluster会根据集群目前的负载情况，自动挑选出满足任务条件的计算节点，将任务放到这些节点中运行。(1) 提交一个普通的计算任务，在EasyCluster左方的主功能导航中，单击【提交任务】，出现如下界面：将这种任务提交表单填写完成，即可提交一个任务，该表单中各字段的含义和填写方法如下：填写项必须填写描述及操作任务