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QTL-seq流程说明文档版本号v1.0撰写日期：2017.6.26撰写者：柯文斯目录一、分析流程 2二、调参示例 7示例：/lustre/Work/project/genomeOryza_sativa_BSA/01.QTL-seq/一、工作原理所需文件：1个亲本数据，2个混池数据将亲本数据比对到参考基因组，进行snp检测；将参考基因组的snp位点进行碱基替换，构建新的reference；将亲本数据比对到新的参考基因组，进行snp检测，用于后续混池的过滤；将混池数据比对到新的参考基因组进行snp检测，筛选出相对亲本特有的SNP位点；对两个混池特有的snp计算出snp-index值，利用窗口滑动的方法结合boost模拟曲线，定位性状关联区域。二、分析流程数据准备对一个亲本、2个混池的fastq文件进行数据链接。有多个lane数据的，先做数据合并，再链接合并的结果。合并的参考脚本：zcat L7_1.clean.fq.gz L7_2.clean.fq.gz |gzip m1_1.clean.fq.gz链接后的fastq文件命名方式：BA_1_1_sequence.txt.gz、BA_1_2_sequence.txt.gz为混池BA的fq1、fq2文件，其中BA_1的“1”是必须的，可以用其他数字代替。设置参数修改配置文件config.txt，根据需要设置相