+蛋白质分子设计.pptVIP

第六讲 蛋白质分子设计;Introduction;耶鲁大学化学家Alanna??Schepartz小组利用β-氨基酸模拟天然蛋白质的特征设计出一种分子，它内部不亲水而外部则恰好相反，因此能够使β-肽链形成一束。 ;;蛋白质没有像化学试剂那样被普遍应用，其原因: (1)蛋白质分子量非常大(10 000-1 000 000 Da)，不能通过化学方法生产; (2)蛋白质的功能是在生理条件下发挥的，在其它条件下(如在有机溶剂中)是不稳定的; (3)专一性致使其应用范围受到影响。 ;蛋白质设计目前存在的问题 1、与天然的蛋白质比较，缺乏结构的独特性及明 显的功能优越性 2、三级结构的确定性较差;计算机模拟;蛋白质分子设计的流程;Pr突变体设计的3个步骤; 在上述的设计工作完成后，要进行合成或突变实验并经分离、纯化及表征后得到所要求的新Pr； Pr设计的成功与否，必须要有理论与实验的紧密相结合 ; 蛋白质分子设计原理; 蛋白质分子设计原理;一、蛋白质分子设计的分类;（一）蛋白质分子设计的层次;（二）蛋白质分子设计的分类;二、蛋白质分子设计的基础;;;;;;三、蛋白质分子设计的原则;;溶菌酶结构;;四、蛋白质分子设计的程序;蛋白质分子设计步骤;就目前的水平而言，所选择的目标均是一些残基不多（60-80个AA残基）、结构简单并且具有对称性的多肽结构。;序列设计;第二节 基于天然蛋白质结构的分子设计;一、定位突变;（一）定位突变的设计目标及解决方法;Hartley等于1986年完成了一个我们所要的设计目标及解决的办法 ：;（二）定位突变的种类;;（三）定位突变的程序;2．找出对所要求的性质有重要影响的位置;3．预测突变体的结构;4．构建突变体，获得突变体蛋白;5．突变体蛋白质的检验;蛋白质中功能 残基的鉴定;1．根据结构信息确定残基的突变;2．突变方法鉴定突变功能残基;3. 利用蛋白质同源性鉴定突变功能残基;（五）定位突变的应用;T4噬菌体溶菌酶包含164个AA，Gassner和Matthews对其研究的结果证明，在该酶结构中不存杂二硫键，只有Cys54和Cys97两个半胱氨酸残基。 Matthews通过分子设计引入3对二硫键，其中5个Cys均是由突变而来，实验证明突变体比天然蛋白质更为稳定。;二、蛋白质分子拼接;;英国剑??大学的Winter等人利用分子剪裁技术成功地在抗体分子上作了实验。 ;单链抗体scFv结构; 单链抗体的linker改造; 单链抗体的改体模型;单链抗体 抗体： 是体液免疫应答的主要效应分子。 由两条相同的重链（H链）和两条相同的轻链（L链）组成。;单链抗体（scFv）： 抗体可变区的重链（VH）与轻链（VL）通过一段约15-25个氨基酸残基构成的弹性短肽（Linker）相连，融合表达出来的抗体片断。 ;双特异性单链抗体 能识别两种抗原并能与之结合的单链抗体（或抗体复合物）称为双特异性单链抗体。 例：将能够各自产生抗DON毒素和抗ZEN毒素的单链抗体基因，连接融合，表达出能同时与DON和ZEN两种毒素抗原特异性结合的双特异性单链抗体。 腐镰刀菌烯醇(DON)和抗单端孢霉毒素 ;双链抗体的分子设计; 我们知道, 蛋白质的空间结构受其氨基酸序列控制, 而功能又与结构密切相关。 如果能够找到构造蛋白质结构的方法, 我们就能得到具有任意结构和功能的全新蛋白质, 这就是蛋白质全新设计问题。; 全新蛋白质设计过程; 蛋白质从头设计概念;全新蛋白质设计包括;（一）全新蛋白质设计程序;（二）全新蛋白质设计目标的选择;选定氨基酸顺序 用Monte Carlo法或分子动力学计算其三维模型 目标：使构象的能量水平达到最低和稳定;设计方法的分类;;? ??具体设计中要考虑的因素较多，例如要正确选择二级结构倾向性的残基，正确布置适应目标结构的“二元模式”(binary pattern)。正确选择转角、帽结构以连接和终止螺旋，正确选择适应于堆积核心的疏水侧链。另外，还可以导入内部的极性作用，主要有二元模式、二级结构倾向性、互补堆积等。; 所谓二元模式指的是氨基酸的亲疏水性在编码结构中的作用。对残基的亲疏水性的考虑几乎是设计中的唯一标准，是最重要的因素。天然蛋白质折叠时，总是尽可能将疏水残基埋进内部，而将亲水残基暴露在表面。二元模式的作用可能主要在二级结构上发挥出来，二级结构具有周期性，沿主链残基的亲疏水性也是有周期性的，并与二级结构相适应。;;;从头设计的蛋白质经常是具有正确的拓扑学结构、明显的二级结构、合理的热力学稳定性，但缺乏天然蛋白质的那种高度堆积特异的构象，呈一种“熔球”状态，或者说是部分折叠，这是目前面临的最大困难和最大挑战。;为达到一种特异的