第七章LncRNA数据生物信息学分析.pptVIP

Page ? * LncRNA数据生物信息学分析 主讲人：唐婷婷 第一节 LncRNA的定义及来源 长链非编码RNA（Long non-coding RNA，LncRNA）是一类转录本超过200nt的RNA，它们本身不编码蛋白。近年来LncRNA不断被发现其潜在作用，在多种层面上调控基因的表达水平。 图一： LncRNA与基因组的关系图 编码蛋白质的基因组2% 可能转录成无意义编码RNA（ncRNA）的基因组 转录成关键非编码RNA的基因组 第一节 LncRNA的定义及来源 目前?可以明确的是LncRNA与其附近编码基因的关系主要有以下 ６ 种:外显子同义重叠(exon sense-overlapping)、内含子同义重叠(intron sense-overlapping)、天然反义(natural antisense)、内含子反义(intron antisense)、基因间(intergenic)和反向(bidirectional)。 图二：LncRNA和附近编码基因的关系 第二节 LncRNA相关信息查找 如果知道一个LncRNA的SeqID便可从网站上查询到LncRNA。下面以SeqID为NR_027983的LncRNA进行详述，首先可以确定的是开头为NR_的LncRNA来源于NCBI的RefSeq数据库。 （1）打开NCBI首页http：//www.ncbi.nlm.gow （2）在检索窗口的数据库选择下拉菜单中选择Nucleotide，然后在检索栏中输入 一、通过NCBI查找LncRNA信息 第二节 LncRNA相关信息查找 1、2步的图示： 第二节 LncRNA相关信息查找 (3)执行检索后，检索结果默认以Genbank格式显示 注：通过Display菜单可以选择显示格式，常用的有Genbank和FASTA两种格式。Genbank格式显示较完整的基因序列记录及详细信息。FASTA格式仅包括该序列的简要特征。 第二节 LncRNA相关信息查找 第二节 LncRNA相关信息查找 第二节 LncRNA相关信息查找 第二节 LncRNA相关信息查找 检索结果详解 第二节 LncRNA相关信息查找 二、通过NCBI查找转录该LncRNA的基因相关信息 如果想了解转录该LncRNA基因的信息，可以点击链接GeneID：680254进入以下界面： 第二节 LncRNA相关信息查找 第三节 大鼠LncRNA全序列查找 ＸＲ＿００６１５７ ＸＲ＿００７２４３ ＢＣ０８８３０１ ＭＲＡＫ００７０７７ ＭＲＡＫ００７０７７ ＭＲｕｃ００７ｍｙｚ ＢＣ１０４６８７ ＢＣ０８３８６８ ＸＲ＿００７３２９ ＡＢ０７３７１４ ＭＲＡＫ０５３７４３ Ｕ７５３９６ SeqID source RefSeq_XR RefSeq_XR misc_lncRNA mouse_ortholog mouse_ortholog mouse_ortholog misc_lncRNA misc_lncRNA RefSeq_XR misc_lncRNA mouse_ortholog misc_lncRNA 第三节 大鼠LncRNA全序列查找 ＭＲＡＫ１５８０６４ ＭＲＡＫ０８４８９５ ＢＣ０９７２７３ ＢＣ０９８７８６ ＢＣ１６６５６２ mouse_ortholog mouse_ortholog misc_lncRNA misc_lncRNA misc_lncRNA 第三节 大鼠LncRNA全序列查找 网址为：/cgi-bin/hgGateway 具体操作方法如图 Source为misc_lncRNA的查询方法 第三节 大鼠LncRNA全序列查找 第三节 大鼠LncRNA全序列查找 Page ? *