海洋药学专业毕业论文RPE65蛋白质的结构预测.doc

目 录 摘要 ………………………………………………………………………………1 前言 ………………………………………………………………………………2 第一章 背景介绍…………………………………………………………………3生物信息学在蛋白质结构预测中的应用 ………………………………………3 第二章 RPE65基因蛋白概述 ……………………………………………………6 2.1 RPE65基因蛋白的功能………………………………………………………6 2.2 RPE65蛋白质基因的组成…………………………………………………6 第三章 RPE65的3D结构模型预测 ………………………………………………9 3.1 3D-PSSM获得RPE65的初步模型信息 ………………………………………9 3.2 SCWRL软件预测侧链坐标 …………………………………………………10 3.3 Jackal软件包对模型的修饰………………………………………………12 第四章 结果和讨论 ……………………………………………………………14 第五章 视网膜色素变性研究进展 ……………………………………………18 参考文献…………………………………………………………………………20 致谢………………………………………………………………………………21 RPE65蛋白质的结构预测 摘 要 应用生物信息学的方法对蛋白质结构的预测，为进一步研究蛋白质的生物学功能开辟了一个新的领域。本课题的提出是通过生物信息学软件预测蛋白质为设计新的蛋白质或改造已有蛋白质提供可靠的依据Abstract Using bioinformatics methods for protein structure prediction opens a new area for further study of protein biological function. The topic proposed by bioinformatics method to predict the natural conformation of RPE65 and its structures, according to obtained three-dimensional structure model of the protein to discuss its function and possible mechanisms. This method also provides a reliable basis for designing new proteins and modified proteins. Keywords：protein structure prediction; retina; RPE65 前 言 视紫红质是感光细胞中的一种视色素,在光线的接收和视觉电位的产生方面具有重要的生理作用,由视紫红质介导的过度光信号传导是光性视网膜变性的主要原因。近年的研究表明,视网膜色素上皮细胞中的RPE65蛋白作为影响视紫红质再生的关键因素,与视网膜光损伤的易感性密切相关[1]。 随着近年来生物信息学的快速发展，我们在该课题中应用生物信息学的研究方法对RPE65蛋白质的结构进行预测。 生物信息学的从蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质结构。, 因此进行蛋白质的结构预测对了解未知蛋白生物学功能具有重要意义。 本课题即是通过计算机在Linux系统下获得RPE65蛋白质基因的三维立体结构模型，进而讨论它在视觉周期中所发挥的重要作用。 课题所介绍的计算机模型的研究，其主要过程是通过3D-PSSM服务器获取RPE65基因蛋白的初步三维结构模型，其相应的侧链是从SCWRL中获得。最后，应用Jackal与Charmm力场对初步模型进行修复和完善。根据获得的三维结构模型，对蛋白质功能的可能机制进行讨论。并了解蛋白质功能，为设计新的蛋白质或改造已有蛋白质提供可靠的依据，同时为新的药物分子设计提供合理的靶分子结构以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析生物系统规律是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也是21世纪自然科学的核心领域之一。其研究基因组学重点主要体现在基因组学(Genomics)和学(Proteomics)两方面，具体说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达的结构功能的生物信息。1989年在美国举办与的计算机模型国际会议，生物信息学发展到了、计算系统生物学的时代。组织由实验中获取的大量有关生物学的数据即建立相应的数据库，如PDB，Genbank，SwissProtFASTA,PSI-BLAST， 生物信息学的重要研究课题有：大规模基因组测序