穿线法Threading-山东大学课程中心.PPT

原理 –不相似的氨基酸序列也可能对应着相似的蛋白质结构。 计算方法获取：穿线法 Threading * 已知结构的蛋白质约10万，不同的结构拓扑1313。 原理 –不相似的氨基酸序列也可能对应着相似的蛋白质结构。 计算方法获取：穿线法 Threading * 计算方法获取：穿线法 Threading 全自动穿线法：I-TASSER –在线的蛋白质结构预测服务器，在近三届蛋白质结构预测比赛（CASP7/8/9）中皆排名第一。作者为美国密歇根大学的张阳教授。什么都不用自己操心，只需注册用户，输入EMAIL、密码和目标序列点RUN。 /I-TASSER * 计算方法获取：穿线法 Threading CASP - Critical Assessment of protein Structure Prediction 蛋白质结构生物信息预测国际竞赛 CASP的主要目标是：对当前在蛋白质结构预测领域的“能为”和“不能为”作一深入且客观的评价。 为实现这一目标，参与者们对一组即将公开的结构进行尽可能多的预测。 上海交大电子信息与电器工程学院的沈红斌教授研究组在CASP11中取得第三名。 * 免费注册 全自动穿线法：I-TASSER 计算方法获取：穿线法 Threading 下载软件包本地安装 邮箱必填，需要等待24小时以上。 * 全自动穿线法：I-TASSER 计算方法获取：穿线法 Threading Quere：所有任务的排队情况。 * 一个用户只能提交一个任务。一个IP地址只能提交一个任务。 全自动穿线法：I-TASSER 计算方法获取：穿线法 Threading * 全自动穿线法：I-TASSER 计算方法获取：穿线法 Threading Search：通过任务号查找任务。 * 根据目标序列长短不同，运算时间不同，但至少需要24小时。 全自动穿线法：I-TASSER 计算方法获取：穿线法 Threading * 第一部分：序列信息，包括提交的氨基酸序列、预测的二级结构序列以及预测的残基可溶性（是表面残基还是内部残基） 全自动穿线法：I-TASSER 计算方法获取：穿线法 Threading * 第二部分：预测的模型（五个）及模型质量系数C-score 全自动穿线法：I-TASSER 计算方法获取：穿线法 Threading * 第三部分：建模所使用的模版及序列比对 全自动穿线法：I-TASSER 计算方法获取：穿线法 Threading * 第四部分：10个PDB里与该预测结构相似的结构；功能预测 全自动穿线法：I-TASSER 计算方法获取：穿线法 Threading * 半全自动穿线法：pGenTHREADER + SwissModel 计算方法获取：穿线法 Threading http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred * 半全自动穿线法：pGenTHREADER + SwissModel 计算方法获取：穿线法 Threading * 半全自动穿线法：pGenTHREADER + SwissModel 计算方法获取：穿线法 Threading * 半全自动穿线法：pGenTHREADER + SwissModel File Output to Textbox FASTA 计算方法获取：穿线法 Threading * 半全自动穿线法：pGenTHREADER + SwissModel 除了输入目标序列，这里还可以输入目标序列和模版序列的序列比对 注意：目标序列在上，模版序列在下 计算方法获取：穿线法 Threading * 原理 –1973年 Anfinsen 《科学》：蛋白质的三维结构决定于自身的氨基酸序列，并且处于最低自由能状态。 计算方法获取：从头计算法 De Novo * 需要1-2天的时间 /QUARK 预测工具 –QUARK 计算方法获取：从头计算法 De Novo * 预测工具 –QUARK 计算方法获取：从头计算法 De Novo * Robetta综合了同源建模法和从头计算法两种方法。能找到模板的区域用同源建模法，找不到的区域用从头计算法。（全自动） 预测工具 –ROBETTA 计算方法获取：综合法 * Homologues in PDB (30%)? Best-fit template (energy function)? 200 AA? 什么时候用什么？ 计算方法获取：综合法 * 模型质量评估软件（Model Quality Assessment programs, MQAPs） 对于通过计算方法获得的模型，必须进行必要的模型质量