分子标记发展简史.PDF

分子标记发展简史 周宇爝 来源： 　　摘要比较详细地介绍了分子标记的概念、理论基础和目前常用的分子标记的的发展过程和技术特点。 br　　关 br　　随着人们对生命认识的不断加深以及遗传学的不断深入发展,越来越多的遗传标记被发现,遗传标记的种类和数 量越来越多。主要分为4种类型,即形态标记、细胞学标记、生化标记和DNA分子标记。显然,前3种标记都是以基因表达 的结果(表现型)为基础,是对基因的间接反映;而DNA分子标记则是DNA水平遗传变异的直接反映。与表型标记相比 ,DNA分子标记具有能对各发育时期的个体、各个组织、器官甚至细胞作检测,既不受环境的影响,也不受基因表达与否的 限制,数量丰富,遗传稳定,对生物体的影响表现“中性”以及操作简便等特点。分子标记的所有这些特性,奠定了它具有广 记”一词,根据汉语大词典的解释,是“便于识别的标识或者记号”。随着人们对生命本质认识的一步步加深,在人们研究 DNA序列时发现了大量的非编码序列,甚至占到了全序列的90%以上。这些非编码序列具有特殊的一级结构,如串联重复 、回文结构、Alu序列(反向重复序列)、CpG岛等,并且全基因组分布[3]。随着人类基因组计划的人类基因组框架草图的 完成和一个个模式生物的全基因组测序,一个个新的DNA特异序列被发现并且在染色体上定位,整个基因组内的标记密度 越来越高,并且大量的特异序列与不同的基因片段有着不同程度的连锁,所有这些标记构成了人类研究探索各种生物基因 者蛋白质。蛋白质标记包括种子贮藏蛋白和同工酶(不同基因位点编码的酶的不同分子形式)及等位酶(同一基因位点上不 同的等位基因编码的酶的不同形式)。狭义的分子标记仅仅指DNA标记,一般所称的分子标记即被界定在此范围之内[4]。 这是因为在应用上DNA标记比蛋白质标记广泛的多。蛋白质的结构比DNA的结构复杂的多。构成蛋白质的氨基酸有几 十种,而构成DNA的碱基只有4种,通过指数级的排列方式仅是其一级结构的可能性就有数量级上的差异,且不计蛋白质更 加复杂的二级、三级、四级结构及其结构域。并且到目前为止,蛋白质的复制与合成远不及DNA复制技术成熟,可控性也 不高。因此,蛋白质标记应用远不如DNA标记方便和广泛。但从更严格的意义上讲,蛋白质标记是研究生命现象更为精确 记 br　　理想的分子标记必须达到以下要求:①具有高多态性;②共显性遗传,即利用分子标记可鉴别二倍体中杂合和纯 合基因型;③能明确辨别等位基因;④遍布整个基因组;⑤除特殊位点的标记外,要求分子标记均匀分布于整个基因组;⑥选择 中性(即无基因多效性);⑦检测手段简单、快速(如实验程序易自动化);⑧开发成本和使用成本尽量低廉;⑨在实验室内和实 验空间重复性好(便于数据交换)[5]。 br　　特别需要提出的是,所有的分子标记都必须满足和某个基因或者已知标记 紧密连锁(连锁程度越高越好)甚至共分离。 br　　但是,目前发现的任何一种分子标记均无法同时满足以上所有要求。 使用者可以根据自己的实验目的和要求具体选用某种标记技术。 br　　 br　　2目前常用分子标记的基本原理 属甚至品种之间的同源DNA序列上的限制性内切酶识别位点不同,或者由于突变、重组等原因引起限制性内切酶位点上 的核苷酸的变化。若引起DNA分子某一特定内切酶识别位点序列内发生变化,这样该位点就不能被切开,使得DNA片段比 亲本长;若突变后形成新的酶切位点,则酶切后的片断变短。这样,通过电泳可以将大小不同的片断区分开来。对于分子量 较小的质粒DNA就可直接观察到DNA长度的差异,但对于核DNA而言,DNA片断呈连续分布,无法辨别差异,需通过 显色技术,发生变异的材料显示的带就可能与亲本的带处于不同位置。检测出与此标记DNA相关的片段构建出多态性图 谱,即为RFLP[5,6]。这种特定的限制性片断与DNA探针的组合,便可以作为遗传标记。由于RFLP起源于DNA的变异,不受 显隐性关系、环境条件和发育阶段的影响,具有遗传的专一性和稳定性的特点,在数量上不受限制,可随机选取足够数量能 代表整个基因组的RFLP标记,而且每个标记变异大,检测方便。用于检测RFLP的克隆探针可随机选取,可以是使核糖体 DNA、叶绿体DNA,也可以是总DNA。这样就可以获得能够反映遗传差异的大量多态性,为进行资源分析、品种鉴定、物 种进化、基因定位、亲缘关系和遗传距离的分析,遗传图谱的构建提供了有力的工具。并且RFLP是共显性标记,能够区别 出杂合体与纯合体[7