SMS的使用方法.docxVIP

序列处理在线工具包( HYPERLINK http://www.ualberta.ca/~stothard/javascript/index.html Sequence Manipulation Suite) 是DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具的集合。程序以HTML格式输出结果，可以作为标准web页由浏览器读取，可以打印与保存结果，也可用HTML编辑器或文本编辑器进行编辑。 这个在线工具主要对DNA/RNA和蛋白质序列进行处理和分析。个人认为比较实用的功能是：DNA/蛋白质序列过滤器，反序与补序工具，DNA/蛋白质序列分组工具，翻译和蛋白分子量，下面进行全面的介绍： 格式转换 FASTA序列粘合功能：将多条FASTA格式的序列粘合为一条。在程序只接受一条序列输入，且需要同时分析多条序列数据时将会用到此工具。 FASTA格式序列输入（粘帖）到下来输入框。上限为 500000 个碱基.? （2）EMBL 转 FASTA功能：将EMBL格式序列文件转换成FASTA格式序列文件。该程序可快速去除EMBL格式文件中的非DNA序列信息。 将一条或多条EMBL格式序列输入（粘帖）到下列文本框。输入上限 200000 个碱基。 （3）EMBL序列特征提取：在输入的序列中提取出特征信息，并以FASTA格式返回序列特征。该程序适用于在含有大量内含子的基因组序列中得到cDNA。 将一条或多条EMBL格式序列输入（粘帖）到文本框。输入上限为 200000 个碱基。 （4）EMBL 序列转换功能：将输入的EMBL格式的基因序列转换为相应的FASTA格式的蛋白质序列。 将序列输入（粘帖）到文本框. 输入上限为 200000 个碱基. （5）DNA/蛋白质过滤:用于去除序列中的非DNA/蛋白质字符。 可以除序列中的数字、空格，不论序列里原来有什么，是什么格式，经过过滤之后就只有序列了（没有空格的），很清爽，可以很方便的用于后面的分析。 将序列输入（粘帖）到文本框，输入上限为 500000 个碱基。 （6） GenBank 转 FASTA功能：将输入的GenBank序列文件转换成FASTA格式序列文件。可以去除GenBank序列文件中所有非DNA序列字符。 将一个或多个GenBank序列文件输入（粘帖）到文本框中，输入上限为 200000 个碱基。 （7）GenBank 特征提取功能：从输入的GenBank文件中获取序列的特征信息，并依照GenBank相关规定以FASTA格式返回。 该程序适用于在基因组中提取出cDNA序列。将一个或多个GenBank文件粘帖到文本框中，输入上限为200000个字符： （8） GenBank 翻译提取功能：从输入的GenBank文件中查找蛋白质翻译序列，并以FASTA格式返回。 将GenBank序列文件粘帖（输入）到文本框。输入上限为 200000 个字符。 （9）一转三功能：将用单字母表示的氨基酸序列转换为三字母表示的氨基酸序列。A-Ala 将一条或多条FASTA序列输入到文本框，输入上限为100000个字符: （10）按要求提取DNA/蛋白质功能：从输入的DNA/蛋白质序列中提取特定的碱基或片段，提取结果将会以不同的方式返回。 将原始序列或FASTA格式序列粘帖到下列文本框，输入上限为500000个字符： 输入需提取的碱基位置或片段位置，使用..或“_”指出提取片段的范围，不同位置用“,（英文格式逗号）”分隔： （11）反向互补工具：生成输入序列的反向序列、互补序列或反向互补序列。支持所有DNA字符，如果需要获得反向互补序列中的ORF开放阅读框，可使用该工具。很方便的得到原序列的反向序列与互补序列，最主要的是可以很方便的将这些序列复制出来。 将未处理的序列或多条FASTA序列粘帖到下列文本框，输入上限为100000个字符。 （12）三转一：将由三个字符表示的氨基酸序列转换成由一个字符表示的氨基酸序列。空格 和数字将会在转换的过程中被去除，不足三个字符表示的氨基酸将被忽略。 Ala-A 将未处理的序列或一至多条FASTA格式的序列输入到下列文本框中，输入上限为100000个字符： 2. 序列分析 （1）密码子图表：根据输入的DNA序列产生条状图形的输出，图形的长度与频率表中的频率成比例。利用该工具可查找DNA序列中难以表达的部分，或者用以图形的方式查看密码子的使用频率。 将原始序列或FASTA格式序列粘帖到文本框，输入上限为50000个字符： 可以在另一个文本框中输入要使用的GCG格式的密码子表。默认的密码子表为GenBank中，大肠杆菌的所有密码子（来源于Codon Usage Database.）。 密码子的使用：根据输入的一条或多条DNA序列