基因转录起始点的序列特征二.PPTVIP

1）羟自由基足迹法 （Hydroxyl radical footprinting） 化学试剂 羟自由基 利用化学试剂产生的羟自由基攻击DNA分子表面脱氧核糖骨架使DNA断裂 当DNA结合蛋白将脱氧核糖遮盖时，自由羟基无法攻击而使这个区域的DNA受到保护 电泳图谱上出现空白区的地方就是结合蛋白质的DNA 变性凝胶电泳 2）体内基足迹法 （In vivo footprinting） 用化学试剂对活细胞进行体内处理，使DNA在细胞内受到化学修饰，然后裂解细胞，用化学法或酶法进行足迹实验。 甲基化干扰实验 (Methylation interference assay) 是利用化学试剂如硫酸二甲酯（Dimethyl sulfate, DMS）对活细胞DNA进行甲基化修饰，从而干扰蛋白质与DNA的结合。 乙基化干扰实验 (Ethylation interference assay) 是利用化学试剂对活细胞DNA进行乙基化修饰，从而干扰蛋白质与DNA的结合。 化学试剂 提取DNA DNase I 或化学试剂 变性凝胶电泳分析 切割DNA 化学修饰对蛋白质与DNA的结合有干扰，因此，体内足迹实验也叫干扰实验 电泳图谱需与未修饰的DNA样品进行比较，在未修饰样品中出现空白区的位置是体内发生化学修饰的DNA区域 正常对照 化学修饰 提取DNA 2. 用电